1、細菌感染。
綠膿桿菌感染可綠甲而類似青黴菌等黴菌感染。細菌性甲溝炎及其甲病變可與念珠菌引起者相似，但前者均有明顯的紅腫熱痛等急性炎症，並可出現膿液，這是後者沒有的。
2、皮膚病引起的甲病變。如銀屑病皮炎濕疹扁平苔蘚等也可引起甲板增厚變形有凹點或縱脊等，這些疾病一般同時有相應的皮膚病症可協助診斷。
3、全身性疾病營養性疾病遺傳性疾病或藥物可以引起種種甲的改變。如甲色澤的改變（變白變暗色素沉著淡藍色黃色等），甲外形的改變（有橫溝發育不良甲板過厚或過薄過大或過小變脆或與甲床剝離等），這些改變有時誤為灰指甲，但是這些甲病有一個共同的特點，即全部指（趾）甲都發生病變，而且同步進行，就是說上述內因對甲的影響是同時發生的。
而灰指甲是由外因引起，真菌對甲板的感染是陸續傳染的，有時見到的多個甲發生癬症，但卻先後出現，並仍可能有一些指甲完全正常，這在內因性甲病中是見不到的。