灰指甲的個體化治療主要是指要根據病情嚴重度和甲生長的快慢來製定合理的治療方法。病情嚴重度是指受累甲的面積和角化過度的程度，這兩個名額直接關係到治療的成功率和療程的長短。
灰指甲的治療標準是新甲完全長出，而新甲長出的時間除了與病甲受累面積有關，還與甲生長的速度有關，患者身體狀況、年齡、基礎代謝率等因素都會影響甲的生長。而患者本身甲生長的快慢决定了新甲長出的速度，也就决定了判斷療效的最終時間。
外國的真菌學家總結了影響灰指甲治療效果的各種因素，設計了一套評估灰指甲病情嚴重程度的評價體系，稱為SCIO體系，包含對病甲的臨床分型、病甲的受累深度、病甲的厚度、病甲的部位、患者的年齡等。最終根據患者評分的情况來選擇臨床用藥方案和療程時間。
評分較低的患者病情較輕，可單用甲塗劑如羅美樂和巴特芬，外用3~6個月治療。評分較高者病情相對較重，應考慮口服抗真菌藥物合併外用甲塗劑治療。介於中間者可口服抗真菌藥物人特比萘芬、伊曲康唑或氟康唑治療。