根據甲損害的不同臨床特點，甲真菌病可分為下列四型：
1、遠端甲下甲真菌病（distal subungual onychomycosis，DSO）這是最常見的一種。真菌開始侵犯遠端側緣甲下角質層，再侵犯甲板底面，逐漸導致甲板變色變質，失去正常光滑外觀，甲板下堆積甲床角質層的碎屑，使得甲板與甲床分離脫落，或被患者剪掉，使整個甲板缺失，遺留下角化過度的甲床。
一些真菌可產生不同色素如短帚黴產棕色、球擬殼蠕孢產黑色等。病原菌趾部為紅色毛癬菌、須癬毛癬菌、絮狀表皮癬菌，短帚黴、麯黴、鐮孢、頭孢黴，白念珠菌、熱帶念珠菌、近平滑念珠菌、白地黴和球擬殼蠕孢；指部為紅色毛癬菌和白念珠菌（圖3）。
2、白色錶淺甲真菌病（white superficial onychomycosis，WSO）較少見。真菌直接通過甲板淺層侵入，形成小的、淺表性白色斑點並增大、融合。最終甲變軟、變粗糙，呈琥珀色。病原菌趾部為須癬毛癬菌、頭孢黴、麯黴和鐮孢。紅色毛癬菌少見。
3、近端甲下甲真菌病（proximal subungual onychomycosis，PSO）典型的可見於手指甲近端，開始像白點，可擴大為白斑。表現為甲板底面受累，但整個指甲均可被累及。原髮型少見。外傷、糖尿病、銀屑病、慢性甲溝炎和外周脈管疾病可繼發本型感染。本型在國外隨愛滋病發病上升而增多。病原菌趾部為紅色毛癬菌、須癬毛癬菌、許蘭毛癬菌、斷發毛癬菌、麥格尼毛癬菌，指部為紅色毛癬菌和麥格尼毛癬菌。
4、全營養不良性甲真菌病（total dystrophic onychomycosis，TDO）為上述三型發展的最後階段，全層甲受累。
此外，還有兩個特型：真菌性黑甲，由紅色毛癬菌及雙間柱頂孢等產黑素的非皮膚癬菌性真菌和酵母菌引起，表現為縱脊性黑甲。慢性皮膚黏膜念珠菌病的原發性甲感染，為甲板全層受累的營養不良型念珠菌病，因甲下碎屑堆積，甲板易於剝離，遺留角化過度的甲床。