在選購彩色寶石時除了看顏色的濃淡之外，還有重要的環節就是看寶石的淨度。一顆淨度非常好的寶石不僅可以把寶石的顏色襯托的更加美麗，也是判斷一顆寶石有沒有收藏價值的重要標準。
對寶石淨度的評鑒，應主要從表面是否有瑕疵和內部是否有雜質兩方面入手。其中，表面瑕疵包括切割師在打磨過程中留下的印記或因長期佩帶而留下的摩擦痕迹。這些瑕疵屬於表面印記，將寶石再次拋光打磨即可消除，並不影響對其淨度的評鑒。內部雜質則是影響寶石淨度名額的主要因素，包括洞痕、缺口、雲狀物、羽裂紋、手指紋、內含晶體、針狀物、針點等。張軍表示，寶石的內含物越多、越明顯，其價值就越低。
在彩色寶石業界，通常把寶石的淨度分為一類、二類、三類共三個等級。
一類淨度的寶石用肉眼看不到雜質，代表品種有：綠柱石（綠色、黃色、粉色）、海藍寶石、綠碧璽、藍色鋯石、金綠寶石（綠色、黃色）、坦桑石、水晶（茶水晶、黃水晶）、鋰輝石（粉色、綠色）、托帕石（藍色、黃色、橙色、粉紅、紅色），這些寶石頗受高端珠寶商的青睞。
二類淨度的寶石會有內含物且肉眼能够觀察到，代表品種有：紅寶石、藍寶石、彩色藍寶石、碧璽（藍色、橙色、紫色、黃色、雙色但不包括西瓜碧璽）、亞歷山大變石、鋯石（綠色、橙色、黃色、紅色）、紫水晶、尖晶石（所有顏色）、橄欖石、堇青石。
三類淨度寶石的內含物較多且十分明顯，代表品種有：祖母綠、碧璽（紅色、粉色、西瓜碧璽）。
值得一提的是，儘管祖母綠寶石的淨度沒有那麼高，但其卻憑藉著豔麗的翠綠色躋身頂級寶石行列，價格甚至超出其他種類淨度好的寶石。