黑瑪瑙與黑曜石有著極其相似的顏色和結構特徵，很容易被混為一談。為了减少不必要的麻煩，我們應當對“黑瑪瑙和黑曜石有什麼區別”這個問題有一定的瞭解。
成分上，黑曜石是火成岩的一種，主要成分是二氧化矽，屬於非純晶質的水晶寶石。而黑瑪瑙的主要成分也是二氧化矽，質地很純的黑瑪瑙往往顯現出灰色，市場上的黑瑪瑙多是經過加熱處理的。黑瑪瑙由於只是經過加熱處理而沒有經過其他的諸如添加其他非天然的物質的處理，不容易褪色，所以在區分黑瑪瑙和黑曜石的時候，有一定的難度。
紋理方面，黑曜石的表面有天然的條紋，有些或許有斑點，另外有些黑曜石有些條紋會呈現橢圓形狀，有些像是猫的眼睛，即俗稱的單眼黑曜或是雙眼黑曜。黑瑪瑙表面的紋理沒有黑曜石那麼明顯的橢圓形狀，有些少部分的天然瑪瑙中存在著結晶狀態的紋理，如條帶狀、斑點狀。
硬度，黑瑪瑙的硬度要大於黑曜石，可以通過量測其的硬度來鑒別他們。
醫療功效，黑曜石可以吸收負面能量、辟邪的作用；黑瑪瑙是佛教七寶之一，是古代財富的象徵，它具有一定的醫療康復作用，長期佩戴黑瑪瑙可以有效的改善人體的機能增强人的身體素質。
價位，兩款寶石均屬於中檔的價位，如若上面有其他的雕刻或是特殊的設計，那麼就令當別論了。