小葉紫檀的顏色比較複雜，因為小葉紫檀的顏色並不是固定不變的。在拍賣會上見過明清時期的小葉紫檀傢俱的人會說是黑色的，剛從市場上淘到小葉紫檀佛珠的人會說是紅色的，也有人會說是深紫紅色的。到底誰說的對？其實說的都正確。
古印度人將小葉紫檀木料研磨成粉作為一種高級紅色染料，用來染紅布，在我國古代受印度影響，也有用紫檀做染料的，而文人更喜歡將紫檀粉用在丹青上。
小葉紫檀中含有一種特殊物質紫檀素，這種物質很容易在空氣中被氧化而變色。小葉紫檀木料，外面有樹皮，樹皮裡面有一層白皮，這2層能有效防止樹幹中的紫檀素接觸到空氣中的氧氣，囙此小葉紫檀木料在未被加工前，是很道地的橘紅色，顏色比較鮮豔，這就是為什麼剛剛從佛珠加工車間出來的小葉紫檀佛珠手鏈的表面顏色是那麼紅、那麼豔。小葉紫檀木料加工成佛珠等產品後，表面完全裸露在空氣中，無可避免地被氧氣氧化，顏色也就會隨時間慢慢變深，這個效果也是很明顯的，一般在新珠子加工出來後一個月左右，顏色就會變成深紫色，我們也曾發現過有趣的現象，加工出來的小葉紫檀筆筒，在筆筒筒身被氧化成深紫色時，卻發現筆筒底部顏色還是比較偏紅，原因就在於底部長期與案頭接觸，與案頭形成了一個較為封閉的空間，影響氧化的行程。在小葉紫檀佛珠上也有這種情況出現，一條紫檀佛珠手串，佛塔蓋住佛頭的那一部分顏色與其他珠子顏色相比，明顯要偏紅一些，原因是同樣的。
小葉紫檀時間越長顏色就會越深，所以明清甚至民國時期的一些傢俱表面的顏色基本上就是黑色，紫色的色素就很難再見到了，因為顏色深，將紫檀本身具有的紋路也都全部覆蓋住了。