導致邊境牧羊犬換毛的原因有許多，真菌性皮膚病，細菌性皮膚病，正常的生理性脫毛，內分泌失調等等。一般來說，正常的生理性脫毛在幼犬3、4月齡就會出現1次，以後在每一年的春秋季節變化的時候，邊牧犬也會出現換毛的情况。而在狗狗的換毛期間，主人應當特別注意，小心養護。
在幼犬3、4月齡的時候它們會脫去身體上的胎毛，逐漸生長出成年的毛髮，而這也是它們邁上成熟期的一個重要標誌。我們知道，狗狗的成長需要很多的能量，保持身體的健康需要全面的營養補給。同樣，要讓寵物狗皮毛健康光澤，主人需要注重蛋白質、維他命、礦物質、鈣質等營養的補給，並且需要保持營養的全面豐富，為新毛髮的生長提供能量。
在每年換毛期間，主人應適當新增梳子的數量。每天兩次，梳理犬全身，促進血液迴圈，加强新陳代謝，清除毛髮上的污垢和灰塵，清理掉掉掉下來仍留在犬身上的毛髮，為新毛髮的生長提供足够的空間，使新毛髮更加光滑健康。
在邊境牧羊犬換毛期間，主人應當盡可能少帶狗狗外出，特別是要禁止狗狗外出鑽尋草叢，防止感染蝨子、跳蚤等寄生蟲。同時，也杜絕傳染疾病的發生。讓邊境牧羊犬能够順利健康的度過換毛期。