牛棚可以使用的消毒液很多，其中氫氧化鈉、高錳酸鉀黑色結晶和煤酚皂液是最推薦使用的。這三種消毒液的殺毒消菌效果都很强，而且見效很快。氫氧化鈉就是腐蝕性很强，需要把牛趕出牛圈之後再使用。高錳酸鉀黑色結晶還可以用來治療母牛的炎症，煤酚皂液刺激性很小，應用的很廣泛。
一、氫氧化鈉
氫氧化鈉溶液，是一種殺除病菌很好的藥劑，一般用2%-5%的氫氧化鈉溶液，給發生過傳染病的牛舍和場地消毒，效果明顯。也可以把2%的氫氧化鈉水溶液和5%的石灰乳混合起來使用，這樣的殺毒效果更佳。這種消毒液雖然見效很快，但是它也有一個缺點，就是腐蝕性很强，所以在給牛舍消毒之前，首先要把牛趕出牛圈，消毒完了之後用清水把消過毒的地方沖刷一遍，開窗通氣之後，再讓牛回來。
二、高錳酸鉀黑色結晶
高錳酸鉀黑色結晶是一種很效率非常强的氧化劑，除了消毒殺菌的作用之外，它還可以用於防腐。一般先用0.05%-0.1%的高錳酸鉀水溶液清洗牛的口腔，而且還可以治療母牛的子宮炎、陰道炎等疾病。有可以用高錳酸鉀水溶液給牛的飲水消毒，用來預防消化道疾病。
三、煤酚皂液
煤酚皂液是一種紅色的透明油質溶液，它的殺菌效果很强。一般來講，用3%-5%的煤酚皂液就可以用於清理牛的用具。1%-3%的每分造也可以用作飼養員的手臂消毒和牛傷口的清潔消毒，也可以塗抹牛疥癬的感染部位。由於它的消毒效果很强，而且刺激性很小，也比較常見。