兩統迭立是日本鐮倉時代到南北朝時代的一個政治現象，指的是後嵯峨天皇之後的兩位天皇-後深草天皇和龜山天皇和其子孫之間的鬥爭。
經過
1259年，已退位的後嵯峨天皇逼後深草天皇退位，立七子恒仁繼位為龜山天皇，從而使兩個天皇產生對立，後深草子孫形成的持明院統皇室，和龜山後裔的大覺寺統皇室自此不斷為了皇位問題激烈鬥爭。這時鐮倉幕府居中進行調停，最後決定由兩方的子弟（皇統）輪流繼任天皇。
鐮倉末年，後醍醐天皇曾兩次發動倒幕，分別為正中元年（1324）的正中之變和元弘3年（1331）的元弘之變，兩次都為朝臣吉田定房所泄，在元弘之變中的笠置山・赤阪城之戰中，天皇為幕府所擄，流放至隱歧島，並立持明院統之光嚴天皇即位，改元正慶，是為北朝第一代天皇。但勤王勢力（護良親王、楠木正成等）仍不放弃，兩年後在京都與幕府勢力（主要為六波羅探題）決戰，此時幕府派出的大將足利尊氏陣前倒戈，破六波羅探題軍，另一勤王軍新田義貞趁機攻破鐮倉，鐮倉幕府滅亡。後醍醐也被勤王軍救出，回到京都廢光嚴天皇復位，並廢院政、關白，國家、政權一統於天皇，史稱建武新政。
然而不久足利尊氏複叛，藉平中先代之亂的藉口屯於鐮倉，拒還京師。在第一次進攻京都失敗後逃至九州，尋求當地勢力東山再起，最後從九州再次攻京都，與朝廷軍在凑川爆發凑川之戰，朝廷大將楠木正成兵敗自殺，足利尊氏則在京都再創武家政權（即幕府），即後來的室町幕府，後醍醐被禁錮，但不久即帶著三神器逃出，在吉野另立朝廷，歷史進入南北朝時代。
在進入南北朝時代後，足利尊氏擁立持明院統的光明天皇，後醍醐天皇作為大覺寺統的代表則逃往大和國的吉野。北朝的持明院統在京都受到足利氏的嚴密控制，南朝大覺寺統則持有象徵天皇神權的三神器——八咫鏡、八尺瓊勾玉和草剃劍，雙方形成南北對峙的局面。
之後到了北朝後小松天皇時，南朝後龜山天皇退位且交出三神器，使南北朝複歸統一，按照原本兩統迭立的原則，繼任者必須是後龜山天皇的子孫，但後小松天皇違反約定，由自己的兒子實仁親王即位為稱光天皇，並宣佈兩統迭立的情况結束。