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在宣武門之變的前夜，李世民與他的幕僚將軍們製定了詳細的行動計畫，他們詳細的推演了每一個環節的細微之處，設想了每一個可能出現紕漏並製定了相應的對策。
他們最終確定的計畫是兵分兩路，100人留在秦王府保護家眷。另外700人隨李世民進宮埋伏。先制住宮中的侍衛，然後挾制李淵，隔絕他與外界的一切聯系，等到誅殺建成與元吉後再迫使他交出兵權。
在誅殺太子及齊王這個環節，李世民决心自己動手，他對其他任何人都不太放心，畢竟要殺的人是太子、秦王的哥哥，他們難免會有所顧忌。如果這件事搞砸了，這個計畫將會完全落空。
雖然整個計畫設計的非常縝密，所有的細節都已經考慮到了，但是依然充滿了極大的不確定性，失敗的可能性非常大。他們也想了後路，一旦失敗，他們將立即逃往河東根據地，依靠那裡的兵馬再做謀劃。
設伏玄武門
拂曉時分，隊伍已經集合完畢，李世民穿上重甲，外面穿上朝服，然後來到軍士面前帶領他們進行了誓師儀式。由於不能驚動任何人，這個儀式是沒有聲響的。然後他率領著長孫無忌、尉遲敬德等十名心腹將領及僅剩的700名親兵，乘著夜色掩護，靜悄悄地向玄武門行進。
為了保證行軍不發出聲響，他們給每一匹戰馬的馬蹄都包裹了厚厚的麻布；每一名阿兵哥兩齒之間都咬了一根木棍。為了在打開城門的時候沒有響聲，常何也事先按照李世民的吩咐給門軸上了很多黃油。
宣武門守將常何本是李世民的舊屬，之前跟著李世民打天下。後來李世民將其調入京城，安插在玄武門當值守，官至中郎將。平時李世民經常對常何施以重賄，並引為心腹。但是建成一方也在極力拉攏常何，也時常予以重賄、提拔。
要想確保事變成功，常何的配合是關鍵。為了保險起見，李世民决定親自去拜訪常何，要他站在自己的一邊。事實證明李世民此舉的確十分必要。因為在同時，太子一方也想讓常何幫助自己，但是前來勸說常何的既不是太子也不是齊王，而是東宮的一名幕僚。相比之下，李世民親自前往無疑是更能打動常何的一方。
在黎明時分，李世民的人馬到達玄武門，他們模仿布穀鳥的叫聲向駐守城門的常何發出訊號。常何打開城門，迎接秦王人馬進入了皇城。按照事先計畫，士兵們迅速進入了設伏陣地。在安排好伏兵之後，李世民便去李淵寢宮見李淵。
挾持李淵
此時李淵正在整理衣裝，準備上朝。他見李世民來的這麼早很驚訝，問他怎麼來的這麼早。李世民一開始就準備攤牌，他脫去朝服，內藏的盔甲露了出來。李淵見此大吃一驚，大聲問道：“你這是幹什麼？”
李世民說：“父親，今天我的死期到了，昨天有人密奏說我想做太子，這就是說我要謀反，謀反就是死罪，這是第一死；今天，太子在太極宮為齊王安排了踐行，也邀請我前來，他們已經做好了計畫，要趁機動手取我的性命，這是第二死！所以，我的死期到了！”
李淵大驚道：“怎麼會呢？沒人要你死啊！”
李世民又說：“我當然有證據，我的細作已經把他們的陰謀全部告訴了我。如果父親不信，今天太子與齊王來了，您可以讓他們脫下朝服，他們必穿暗甲。”
李淵痛苦地說：“你們，你們兄弟之間真的已經到了這一步了？好！好！好！你看這樣，等他們來了，我們一起把事情說清楚。”
李世民說：“今天本來安排在臨湖殿議事，但是我要防備埋伏，所以，我們都要去海池的船上，即使有變，伏兵也鞭長莫及。”
李淵感覺到氣氛不對，為了防止發生意外，他只能同意李世民的要求上了船。船被劃到了海池中央。就這樣，李淵被挾持，完全失去了與外界的聯系。
血濺玄武門
此時天已經大亮，太子與齊王也都已經來到玄武門外，他們也都已經安排妥當，穿上了重甲，做好了軍事部署，一旦宮外的軍隊得到太子的命令，立即開進皇宮。
李建成與李元吉從玄武門進皇宮後來到臨湖殿，發現裡面沒人。他們立刻感覺到氛圍不對，想立即離開皇宮。正在這時，李世民在他們背後大喊：“大哥，我來赴宴了”。
見到李世民，他們大吃一驚，知道自己已經陷入了埋伏。在慌亂之中，李元吉首先拿起弓箭射向李世民，但是連射三箭都沒有射中。李世民拔出弓箭射向建成，一箭就射中了他的喉嚨。李元吉見太子被射死，馬上想逃走，但被李世民部將一箭射下馬來。
而在此時，李世民的坐騎受到了驚嚇，將他帶入玄武門旁邊的樹林中，亂奔之中使他被樹枝掛下馬來，摔在地上。由於摔的太重，李世民一時之間竟爬不起來。李元吉見狀，馬上撲過來用弓箭勒住李世民的脖子，想把他勒死。在這千鈞一髮之際，尉遲敬德趕到大聲呵住了他。李元吉自知不是他的對手，於是又想逃走，但被尉遲敬德一箭射死。
正在皇宮外軍營裏等候太子命令的翊衛車騎將軍馮立由於遲遲等不到太子的命令，他預感大事不妙。後來派人一打探，才知道建成被殺。平日建成對他恩重如山，他决心要替他報仇。於是他便與副護軍薛萬徹、屈直府及左車騎謝叔方率領東宮和齊王府的精銳兵馬兩千人，急馳趕到玄武門。
在這關鍵時刻，秦王府舊將張公謹獨自關閉了大門，擋住馮立的兵馬。馮立等人無法進入，就對玄武門發起猛攻。駐守玄武門的秦王府阿兵哥與薛萬徹等人奮力交戰，持續了很長時間，激戰中雲麾將軍敬君弘與中郎將呂世衡兩人先後戰死。
薛萬徹擂鼓呐喊，聲稱要進攻秦王府，秦王府將士們大為恐懼。此時，在這個萬分危急時刻，尉遲敬德割下建成與元吉的頭顱，站在城牆上提著給馮立等人看。東宮及齊王府的人馬看見太子、齊王已死，瞬間鬥志全無，四下逃散。
逼迫李淵交出兵權
大局已定，李淵才被秦王府的人從海池中的船上帶到太極殿，李世民早就跪在那裡等他了，旁邊站的是怒目圓睜、滿臉血迹的尉遲敬德。
見到李淵，李世民匍匐在地上嚎啕大哭，悲痛地叫道：“父親！父親！建成、元吉企圖謀反，挾持陛下，兒臣已經把他們正法了！”
李淵聽到李世民的話，痛苦的差點跌倒在地，大喊道：“大郎、四郎，是我殺了你們啊！這就是得天下的代價嗎？”之後就大哭起來。李世民也匍匐到李淵的脚下，跟著大哭.
過了好一會，李淵定了定神問李世民：“二郎啊，現在就剩下你自己了，太子之比特不已經是你的了嗎？你還想要什麼？”
李世民停下哭聲，站直了身子，兩字一頓地對李淵說：“我要-節制-天下-兵馬！”
李淵一聽，瞬間癱倒在地！
結局
三天以後，李淵下詔册立李世民為太子，並為他建立了新的太子團隊，成員主要是原秦王府的親信。同時對秦王府文臣武將大加封賞，唐王朝的大權落到了攝政太子李世民的手裡。
後來有人提醒李世民要斬草要除根，於是李建成的五個兒子及李元吉的五個兒子悉數被以謀反罪誅殺，並且全部被除去宗籍。
一場手足相殘的血腥政變最終以李世民的大獲全勝而告終，中國歷史開啟了一個輝煌的時代。