崇禎在內外交困之時，他何嘗不想效法晋元、宋高，趕在大順軍兵臨城下以前脫身南逃，依託半壁江山苟延殘喘。
早在這年正月，朱由檢就秘密地多次召見主張“南遷圖存”的左中允李明睿。他四顧無人之後才向李明睿推心置腹地說：“朕有此志久矣，無人贊物，故遲至今。汝意與朕合。朕志决矣。諸臣不從，奈何？爾且密之。”接著，他同李明睿具體商量了南遷的路線、護衛、餉銀和留守事宜。
二月間，形勢急轉直下，代帝親征的李建泰束手無策，派人飛章上奏說：“賊勢大不可敵矣。願奉皇太子南去。”南遷的問題逐漸由竊竊私議而公開形之於奏章然而，連這樣一件並不難扶擇的事情，也因為朝廷內部的紛爭而擱淺了。
按崇禎皇帝的本意是自己逃往南方，但一要大臣勘贊，二要顧全面子。李明容在奏疏裏故意把南逃美其名曰“親征”，就是摸准了朱由檢的這種心理。
可是，大學士們唯恐皇帝南遷時留下自己輔佐太子居守，變成替死鬼；即便隨駕南遷，一旦京師失守，也說不定由於自己曾經主張南遷而替人受過。於是一個個唯唯諾諾，不置可否，即所謂“帝欲大臣一言主之。大臣畏帝不敢言，慮駕行屬其留守，或駕行後京師不能守，帝必罪主之者。遂無人決策。”特別是一部分廷臣如左都禦史李邦華，竟然主張“皇上自然守社稷”，而讓太子朱慈烺到南京去監國，同時分封定王和永王。這是完全不符合朱由檢心意的。
因為如果實行這個辦法，朱由檢自己仍然逃不了命，即便有如天之福，勤王兵及時趕到，守住了京師，太子監國南京，說不定會重演唐肅宗靈武登基的舊戲。
大唐天寶十五載（756）七月九日，太子李亨在杜鴻漸等人的陪同下，抵達朔方軍大本營靈武。經過一番佈置與籌畫，七月十二日，李亨在靈武城的南門城樓，舉行了簡單的登基儀式。登基後，改年號為至德，並且將當年改為至德元載，史稱唐肅宗。唐玄宗被推尊為太上皇。
所以，崇禎憤憤不平地說：“朕經營天下十幾年尚不能濟，哥兒們孩子家做得甚事？先生早講戰守之策，此外不必再言。”在一片混亂當中，給事中光時享又跑出來參了一本，指責“李明睿南遷為邪說”。朱由檢氣急敗壞地當面斥責道：“一樣邪說，卻只參李明睿何也？顯是朋黨，姑且不究。”南遷之議就在這樣一片紛爭當中拖延了下來。
等到起義軍逼近北京的時候，朱由檢得到情報說，大順軍除了由大同、宣化方面來的主力以外，還有劉芳亮等統率的部隊沿黃河北岸進軍從南面包抄北京，往南逃跑的可能性也很小了。只有在內心追悔之餘，發出“朕不能守社稷，可殉社稷”的哀鳴，準備同他所代表的明王朝一道葬身於農民起義的火海。