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崇禎十七年，李自成起義軍攻破北京，崇禎帝朱由檢在煤山自縊後，留都南京的明朝於五月擁立福王朱由崧為帝，建立弘光政權。然而不到一年，弘光元年五月南京城破，弘光帝被捕遇害，前後不到一年的時間，弘光政權即宣告滅亡。為什麼南明如此短命，這件事情的背後究竟是什麼原因，使得擁有半壁南明的中國正統，卻短暫消亡呢？
第一、無主——弘光王朝立主之爭
這件事要從崇禎時代說起，崇禎末期，面對日益困頓的朝局，崇禎萌生了南遷的想法，召見了附馬都尉鞏永固討論南遷事宜，鞏永固也極力表示贊同隨後，左中允李明睿也上書皇帝“南遷”，但是遭到內閣首輔陳演，兵科給事中光時亨的極力反對。此後都察禦使李邦華是支持李明睿的，他寫給皇帝的秘密奏疏，提出折中方案，派遣太子“南遷”，把南京作為陪都，留下一條退路，維繫群眾的希望。但是內閣首輔陳演堅決反對“南遷”的，他故意向外透露了這個消息，並且鼓動言官猛烈抨擊“南遷”的主張。
言官的猛烈抨擊讓崇禎皇帝受到了巨大的壓力，最終讓崇禎放弃了南遷的計畫，當初朱棣遷都北京之時就將祖宗陵寢放置在北京北方，可以說如果北京失守，陵寢先丟。宗廟社稷怎麼辦？陵寢怎麼辦？京師百萬生靈怎麼辦？國君與社稷同生死，就道義的正統。而讓太子去南京監國的方案也被崇禎否决。他認為太子太小不足於服眾，更重要的是他害怕太子效法唐肅宗靈武兵變，突然自己登基將崇禎變成太上皇，於是在南遷上舉棋不定。最終使得崇禎和太子都斷送在了北京。
這導致南京的朝臣群龍無首，此時南京大員大多在東林黨的手中，加之明末的複社運動，複社聲勢浩大，聲援東林，可以說南京東林黨為大，由於太子與崇禎都已經殞命，立誰為帝王就成了一團亂麻，此時最合適的人選就是萬曆皇帝的三兒子朱常洵的後人福王朱由崧。但是東林黨早年在爭國本時反對福王繼承大統，尤其對於朱由崧即位極為反對，朱由崧為朱常洵長子，身在南京附近的淮安，囙此在崇禎太子及定、永二王無法至南京繼位的情况下，福王本為第一順比特。然而東林黨人卻持相反意見，以東林領袖錢謙益為首，以立賢為名，主張立明神宗之侄潞王朱常淓。史可法並稱福王“在藩不忠不孝，恐難主天下”。
潞王朱常淓血統偏遠，自然缺乏繼立的理由。當時政治以內閣負責，即使皇帝昏庸，負責的臣下仍可以維持政治機构的正常運轉。以局勢而論，留都諸臣需要的只是一個形式上的精神領袖。而並不一定非要雄才大略的賢君不可。
陳寅恪先生在《柳如是別傳》中認為東林黨實際上是李太后的後黨，潞王是李太后那一脈的嫡系，而福王一直為東林黨不喜，曾經一直主張祖制的東林黨一改初衷，鼓旗立賢，導致相持不下，作為首輔的史可法本可力挽狂瀾，可是史可法卻執意和稀泥，裝聾作啞，招致滅頂大禍。
此時南京城內擁立福王者為齊楚餘黨領袖阮大鋮與鳳陽總督馬士英，馬士英早年就有意與東林黨和解，無奈東林黨素來秉持清名，對於馬士英根本不予以正眼相看，招致馬士英忌恨，馬士英老於官場，見自己部將窩裏反，想來爭也沒用。連忙向朱由崧表白心迹，成為從龍文臣第一人。史可法一開始還蒙在鼓裡，指手畫腳的不服，又在寫給馬士英的信中痛駡朱由崧昏聵糊塗。沒想到卻成為落在別人手中的把柄。隨即馬士英便帶領大軍殺氣騰騰的護送朱由崧來到南京浦口。大勢已定，滿心悔恨的史可法和東林黨人也只好接受這個現實了。
此時清軍已經南下，南明朝廷還在為誰主天下打成一鍋粥，不亡都怪。
第二、南明三案——政權紊亂之際的權利碾軋
朱由崧登基為帝，自然厚待馬士英、阮大鋮而忌恨東林黨，此時作為東林黨領袖的錢謙益已經去職，史可法自請出鎮揚州，大局更加紊亂，在南京朝堂之上，黨爭進一步激化，朱由崧求助於三鎮軍閥擁立，對以後的局勢變化產生了重大影響。最直接的作用即是使他自己得償心願，順利地登上了至尊的寶座。而間接影響，則是江北諸鎮以“天子恩人”，“從龍元勳”自居，南京從皇帝到重臣再沒有人可以控制這支飛揚跋扈的軍隊。從此開了南明軍閥勳鎮勢力尾大不掉的濫觴。
此時崇禎一朝的弊病逐一顯現，軍隊冗兵不斷，國庫入不敷出。地方大將擁兵自重又無大才，南明初建，能打的將領幾乎鳳毛麟角，皆在崇禎一朝被剷除殆盡。除了左良玉外，南明幾乎無可用之將，最主要的軍事力量江北四鎮官兵有各個心懷鬼胎，不過匹夫之流。
就在此時，南京又接連爆出三大案件，成為黨爭白熱化的象徵。
大悲案
崇禎十七年十二月，忽然有個和尚來到南京，自稱是明朝親王，從兵亂中逃出做了和尚。弘光帝派官員審訊他的來歷，大悲起初信口開河說崇禎時封他為齊王，他沒有接受，又改封吳王。聲稱“潞王恩施百姓，人人服之，該與他作正比特”。弘光君臣見他語無倫次，將大悲處斬。
太子案
同年十二月，鴻臚寺少卿高夢箕的奴僕穆虎從北方南下，途中遇到一比特少年，結伴而行。晚上就寢時發現少年內衣織有龍紋，驚問其身分，少年自稱是皇太子朱慈烺。高夢箕不得已密奏朝廷，弘光帝派遣內官持禦劄宣召。
1645三月初一日，這個少年從浙江金華到了南京，被交付錦衣衛馮可宗處看管。大學士王鐸曾經擔任東宮教官三年，自然熟悉太子的模樣，一眼就看出是奸人王之明假冒。
王鐸會同群臣審視後的奏疏是相當可信的。弘光帝“又命舊東宮陪讀太監丘執中往認。之明見執中，亦不識也。於是群疑稍解”。然而此時北京又冒出一個太子，南北兩太子誰真誰假成為歷史謎團，至今無人知真相。
但從現存史料中可以看出當時在弘光朝廷上的官員都知道北來“太子”純屬假冒，但這事一直鬧到清軍佔領南京，方告平息。
童妃案
弘光元年，河南有一個姓童的婦人面見南明河南巡撫越其傑，自稱是朱由崧的繼妃，亂離中與朱由崧失散。越其傑和廣昌伯劉良佐深信不疑，一面奏報，一面派人護送來南京。朱由崧立即否認，宣佈童氏為假冒。三月初一日，童氏送抵南京，下詔獄由錦衣衛審訊。童氏自述“年三十六歲。十七歲入宮，册封為曹內監。時有東宮黃氏，西宮李氏。李生子玉哥，寇亂不知所在。氏於崇禎十四年生一子，曰金哥，齧臂為記，今在寧家莊”。朱由崧批駁道：“朕前後早夭，繼妃李殉難，俱經追諡。且朕先為郡王，何有東、西二宮？”這是符合實際情況的，按明朝典制，親郡王立妃由朝廷派員行册封禮。故而童妃也為假。
明末三案各有一詞，不過可以明確看出來，第一案件為閹黨阮大鋮之流的構陷，後兩案為東林黨反制所為。究其根源，正在於東林—複社中的一些骨幹分子視“門戶”、“聲氣”重於國家、社稷，他們愛走極端，甚至惟恐天下不亂。在這些人看來，福藩繼統等於萬曆以來自己在黨爭中最大的失敗，囙此一遇風吹草動，不管真相如何，抓住“把柄”大做文章，必欲推倒福藩另立新君才肯甘休。國家糜爛至此，弘光滅亡不遠也。
第三、錯誤政策——聯虜滅寇
弘光帝的基本國策以“聯虜平寇”為主。弘光朝廷建立的時候，正值吳三桂降清，聯兵擊敗大順軍，佔領北京。弘光君臣由於情報不明，對吳三桂同清朝的關係並不清楚，以為是吳三桂借清兵擊敗了“闖賊”，收復神京，一個個興高采烈，稱之為“功在社稷”的“義舉”。五月二十七日，大學士馬士英疏“陳恢復大計”說：“吳三桂宜速行接濟，在海有粟可挽，有金聲桓可使；而又可因三桂以款虜。原任知縣馬紹愉、陳新甲曾使款奴。昔下策，今上策也。當諮送督輔以備驅使。”次日，弘光朝廷即决定“封關門總兵平西伯吳三桂為薊國公，給誥券、祿米，發銀五萬兩、漕米十萬石，差官齎送”。
其實有客觀史料表明吳三桂引清兵入關時確實希望保留明朝宗室，吳三桂此後卻看出南明懦弱無能，早晚必被滿清所滅，從而開始對於滿清轉變態度，全然為奴為犬。南明卻對此一無所知，由於執行錯誤的政策，加之江北四鎮明廷無力控制，軍閥擴大化下，南明的策略必然留下滔天大禍。
史可法卻在關鍵的時刻自請北上督師，史可法本人乃東林領袖，是東林六君子左光鬥的弟子，此時是朝堂東林黨唯一的依靠，史可法自我逃避，導致了滅頂之災。史可法素來執以清名，故而對於亂臣之賊看不過，他對於李自成旗下反正的部隊，不允許其投靠南明，也對投誠的農民軍歧視嚴重，當時明朝還河南還有翻盤機會，可惜南明無人有克復中原之能，河南總兵許定國私通清朝，巡按陳潜夫和參政分巡睢陽道袁樞請四鎮之一的高傑北上。正月十二日夜，高傑在睢州故袁可立府第內被許定國害死，清軍乘機南下。史可法聞訊長歎無法克復中原。他傷心備至，親自趕往高軍營中做善後工作，立高傑子為興平世子，外甥李本深為提督，胡茂禎為閣標大廳，李成棟為徐州總兵。高傑妻邢氏耽心兒子幼小，不能壓眾，她知道史可法沒有兒子，提出讓兒子拜史可法為義父。但史可法卻因為高部是流賊出身，堅決拒絕，命高傑子拜提督江北兵馬糧餉太監高起潜為義父，導致江北四鎮與他形同水火。
史可法雖然號稱天下兵馬大元帥卻無兵無將可調遣，，史可法從徐州回到白洋口。閻爾梅當時正在史可法幕中，勸他渡河複山東，不聽；勸之西征複河南，又不聽；勸之稍留徐州為河北望，又不聽”，一以退保揚州為上策。
同年四月，左良玉率數十萬兵力，由武漢舉兵東下，要清君側，“除馬阮”，馬士英竟命史可法盡撤江防之兵以防左良玉。史可法只得兼程入援，抵燕子磯，以致淮防空虛。左良玉為黃得功所敗，嘔血而死，子左夢庚率全軍投降清朝；史可法奉命北返，此時盱眙降清，泗州城陷。史可法遂至揚州，繼續抵抗清軍的進攻，史可法手中只有三千殘兵，清軍南下之際，左良玉居然率軍與江北四鎮打開了內戰，江北防務空虛，史可法上書請新增揚州防務，阮大鋮居然說：昔日謝安三萬軍隊就能破苻堅百萬大軍，今日史可法手中三千兵足矣。
史可法守城不得，防務不得，清軍多鐸兵圍揚州，史可法傳檄諸鎮發兵援救，劉澤清北遁淮安降清，僅劉肇基等少數兵至，防守見絀。此時多爾袞勸降，史可法致《複多爾袞書》拒絕投降。四月十七日，清軍進至距離揚州二十裏處下營，次日兵臨城下。史可法“檄各鎮援兵，無一至者”揚州滿城恐慌，史可法血疏告急南京，不報。
四月二十四日，清軍以紅衣大炮攻城。入夜揚州城破，史可法自刎，被眾將攔住。為清軍所俘被殺，清軍佔領揚州以後，多鐸以不聽招降為由，下令屠殺揚州百姓。屠殺延續了十天，死亡逾八十萬人，史稱“揚州十日”。屍骨堆積如山，史可法遺體難以辨認，不知下落，一年後，其義子史德威以袍笏招魂，將其衣冠葬於揚州城天甯門外梅花嶺。後來全祖望曾寫《梅花嶺記》與王秀楚《揚州十日記》清晰描述此事。揚州十日屠城之慘烈，亘古未見，《揚州十日記》清軍殘忍無比，將婦女手脚釘在門板上强暴，將嬰孩兒仍在路上用馬踏爛。慘絕人寰的屠殺導致揚州血流成河。
史可法殞命後，弘光王朝亂作一團，揚州為南明錢糧要衝，揚州遺失後，金陵被圍，五月初八日，清軍乘大霧夜渡長江，次日克鎮江。南明沿江守軍皆潰。總兵鄭鴻逵、鄭彩部水師東遁入海，退回福建。十四日，清軍自鎮江南下丹陽，西趨句容，直抵南京城下。弘光元年（1645）五月十五日大臣趙之龍、王鋒、錢謙益等獻南京城投降，清軍佔領南京。不足一年的弘光王朝宣告滅亡。
南明立國之初，比起南宋條件要好很多，但是崇禎時期留下的積弊和南明無盡的黨爭招致了滅亡。就東晉有王謝大家擁護、南宋太宗僅留趙構一脈，可以說不存在權力過分鬆懈的情况，而南明時沒有的，南明的滅亡可以說是東林黨爭延續的結果，國有大難之際，各有心懷鬼胎之人，自然國不存。