建文元年朱棣反叛之初，建文帝以及方孝孺等人，並沒有將朱棣放在眼裡。他們認為燕王以一隅之兵，做出翻天大事是極為困難的。當時善良又有些迂腐的建文帝甚至還給了手下一道奇特的口諭，他不准任何人傷害他的叔叔朱棣，以免讓自己擔上殺叔的罪名。
正是這道口諭，朱棣在四年的靖難之役中，才敢親冒矢石，在兩軍陣前縱橫馳騁，毫髮無損。聯想到建文初年，徐達之子徐輝祖曾力勸建文帝扣押朱棣之子來要脅對方。建文帝猶豫著，居然沒有同意。結果放虎歸山，讓朱棣再無顧忌。其次方孝孺向建文帝推薦了平叛的主帥：他的好友李景隆。
正是李景隆其人既打了敗仗，又打開了金川門迎賊。在此之前，早已有人對建文帝說過，李景隆有異志。但建文帝卻因為相信方孝孺，而對李景隆信任有加。正是建文帝的優柔寡斷，目不識人，才等來了誤國的開門之變。{“帝雅信孝孺，遂不復疑，坐成開門之變，蓋不免於誤國雲。《薑氏秘史》}
等到方孝孺如夢初醒，要求建文帝誅殺李景隆時，一切為時已晚。最後朱棣在率軍渡過長江，南京城危在旦夕時，方孝孺又給朱允炆提供了一個錯誤的建議。他建議朱允炆固守京城以待援兵，如果最終失敗，應當君王死社稷。
眼看南京城不保，有人勸說建文帝暫避鋒芒，畢竟大半個國家，仍在建文帝的控制中。可方孝孺卻力主守城，等待援兵。這樣的結果是，陳镟以戰艦降燕王，李景隆打開了城門，建文帝本人也消失在了一場大火之中。
朱元璋把兒孫分封到各地做藩王，藩王的勢力日漸强盛。因太子朱標早死，皇太孫朱允炆繼位，其年號為建文。建文帝與親信大臣黃子澄，齊泰佈置了一系列的削藩措施。他們决定先削那些實力弱小的藩王。在削除弱小的諸王以後，朱允炆認為一切已經準備停當，他便秘密下令擒拿朱棣，但是朱允炆並沒有成功。
因為削蕃措施嚴重侵害到了藩王的利益，所以1399年坐鎮北平的朱棣，起兵反抗。靖難之役持續了四年的時間，此時建文帝已經沒有大將可用。他只能啟用倖存的老將耿炳文率兵北伐，隨後他又派出李景隆繼續北伐。
建文帝派出去的軍隊，主力不斷被殲滅。朱棣以北平為基地，靈活運用策略，適時出擊。幾次大型消滅戰過後，朱棣選擇了乘勝進軍。西元1402年朱棣攻下應天，戰亂中朱允炆下落不明，同年朱棣繼位，史稱明成祖。