凡病機表現為關竅不利、經絡壅阻徵象者，皆可選用麝香以開竅散結，使閉塞壅遏之氣得以疏通。麝香治熱閉證，多與牛黃、冰片、犀角等清熱醒神藥同用；治寒閉證則配蘇合香、安息香、石菖蒲等辛香走竄、辟穢祛痰藥同用。中噁心腹暴痛、脹急痞滿，可配蓽撥、良薑等。血瘀氣滯、絡脈痹阻，以致遍身疼痛，或閉經不通，或腹中包塊，於方藥中加麝香適量，效果更為顯著。麝香還廣泛用治癰疽惡瘡、結核腫毒、跌打損傷、瘀腫疼痛，內服外用皆可。內服多入丸散中，一日用量0.03～0.1克。毛殼麝香的外皮--麝香殼供藥用，有消腫解毒的功效，可治疔毒腫痛、癰疽瘡癤。現代用麝香製成氣霧劑或含片舌下給藥治療冠心病、心絞痛。麝香注射液局部注射治淋巴結核。麝香孕婦內服外用均禁忌，氣血虛者須慎用。