藏醫藥是勤勞勇敢的我國藏族人民在同自然界長期鬥爭中積累起來的獨特理論體系，它吸收了古印度醫學、阿拉伯醫學、中醫學等醫學的精華，形成了一套獨具特色的藏醫學理論，加之青藏高原的地理環境及藏民族遊牧式的生活特性，形成了以丸劑為主的製藥特點，它有便於攜帶、服用方便、保質期長、劑量小、藥力强等優點。
服用方法藏藥一般分兩類，普通藥品與珍寶類藥品。服用普通藥沒有太多講究，服用時先把藥丸碾碎然後用溫開水沖服或用溫開水先把藥丸泡開後再服用即可。但珍寶類藥品服用方法比較嚴格，晚上睡前浸泡，早上空服。浸泡藥必須用有蓋的杯子，首先杯子內倒入開水，水量差不多能漫過藥丸就可以，水晾溫後才把藥丸碾碎放入杯子內，蓋好杯蓋。第二天早晨6點左右再加少許開水，攪拌後連同杯底藥一起沖服。這是因為珍寶類藥品由珊瑚、珍珠、瑪瑙、天珠等多種珍貴原料製成，浸泡服用才能達到更好的效果。另外，藏醫理論中所說的，機體經過一夜休息調整後，此時腸胃內沒有其他雜食，有利於藥物的有效成分在人體內完全分解、溶化、吸收，才能達到治療疾病的理想效果。
藏藥服用期間有諸多禁忌，其中對患者的服用時間、劑量、療程、相互配伍等要求較高。
服用時間藏藥認為“龍病”多發生在淩晨和晚上，“赤巴病”多發生在正午和午夜，“培根病”多發生在早上和黃昏。所以治療“龍病”的藥一般需要在淩晨或晚上服用，治療“赤巴病”的藥需要在中午和午夜服用，治療“培根病“的藥需要在早上或黃昏服用。
珍寶類藏藥放在早晨6點左右服用是從消化吸收的生理原理而來，因為這一時間是人體消化吸收機能最旺的時期，在此時服藥更容易被消化和吸收，發揮其理想的效能，所以一般把名貴類藥物的用藥時間放在此時。
藏醫在治療疾病時，一般是一種病症採用幾種藥聯合治療，大都是選擇一種藥為主藥再選擇幾種藥為輔藥的方法。主藥、輔藥一般不同時服用，建議在早中晚分開服用。
服藥劑量和療程藏藥須按規定劑量服用，用量過小起不到治療作用，用量過大則可能會發生中毒，尤其是珍寶類藏藥用量絕對不能過大。但老年人、兒童以及疾病在不同發展階段的藥物劑量也是要根據具體情況酌情調整。
傳統的藏醫典籍中對療程記載不多，一般性的疾病痊癒後即可停藥。對一些慢性病、疑難病，如高血壓、痛風、萎縮性胃炎、胃潰瘍、乙型肝炎、半身不遂、癲癇、糖尿病等，往往可能需要連續服藥3～6個月，才能起到較為理想的治療效果。
藥物配伍隨著藏藥的不斷普及，藏藥與西藥聯用已經成為一種用藥習慣。為了避免藥物相互作用對藥效造成干擾，對於日常或暫時不能停用的西藥，在與藏藥聯合使用時，建議兩類藥物的服用時間相隔45分鐘以上。
服用藏藥還需要注意的是，少烟少酒，少吃寒凉、辛辣刺激性食物，少吃油膩酸腐性食物，具體藥品的服用禁忌還請遵循藥品說明書或遵醫囑服用。