黃連與黃芩皆味苦，性寒，色黃，同歸於膽、胃、大腸經，皆能清熱燥濕，瀉火解毒，可治腸辟、下痢等濕熱為患之疾，功能有些相似，為臨床上所常用。然而，二藥無論從藥性及其治療病症來說，又確有所差异。
《傷寒雜病論》中，含有黃連的經方有13個，含有黃芩的經方有25個。這些經方為我們在臨床上如何運用這兩味藥作出了示範，值得認真研究。
仲景用藥多緊貼《本經》。《本經》雲：黃連“主熱氣目痛、眦傷、泣出、明目，腸辟，腹痛，下痢，婦人陰中腫痛”；黃芩“主諸熱，黃疸，腸辟，泄痢，逐水，下血閉，惡瘡，疽，蝕，火瘍”。
縱觀仲景經方中對黃連、黃芩的運用可以看出，黃連更偏於入心經，瀉心火，並治不寐、心煩及上腹部不適感等涉及神志方面的病狀。立六個瀉心湯：黃連阿膠湯用之治失眠，為補劑中瀉藥。清代醫家鄒潤安認為，以其證屬陰虛陽盛，陽盛則宜瀉火。還如後世之交泰丸（黃連、肉桂），亦治心腎不交之失眠者。故南京中醫藥大學黃煌教授總結說，黃連“主治心中煩，兼治心下痞、下利”；“見有煩而痞，煩而利者，多用黃連”。
臨床凡見目赤、牙痛、口舌生瘡、嘔吐及消渴等症，大多與火邪有關，以火性炎上，又消灼津液，故常用黃連以瀉火。鄒潤安雲：“黃連為心胃之劑，嘔吐為胃病，故後世治嘔用黃連其效最捷，蓋上升皆火之變見”；“二方（指黃連湯和黃連阿膠湯）皆以黃連為君，二證皆發於心，可見黃連為瀉心火之劑矣”。
須得特別指出的是：黃連苦寒而燥，黃芩雖苦寒而不燥；黃連能治濕生之熱，但不能治熱生之濕，而黃芩卻能治熱阻生濕。故《本經》雲黃芩“逐水”，《別錄》雲其“利小腸”。由於手、足陽明皆屬燥金，與性燥之黃連同氣相求，故大腸、胃及膽如被濕熱所擾，皆宜此苦寒而燥者治之。所以黃連有“調胃厚腸”之功效是確切無疑的。筆者平時治胃痛、胃脹或胃痞者就喜用黃連（配伍蒲公英、麥冬、夏枯草等藥），療效頗佳。
與黃連不同的是，黃芩更偏於入肺經，長於清泄肺熱，如療痰熱咳嗽等疾，以治氣分之熱為專功。黃煌認為，“煩熱是使用黃芩的重要指征”，“黃芩證中煩熱極為重要”，“黃芩主治煩熱而出血者，兼治熱利、熱痞”。當年李時珍患骨蒸發熱、膚如火燎，每日吐痰盈碗，即用黃芩一兩煎服而愈。鄒潤安說：“黃芩治自裏達外之熱”，又“陰虛氣盛熱自內出者，黃芩亦能治之”；“凡氣以熱滯致血緣氣阻者，得氣之調則行，此黃芩之專司也”；“大率黃芩所治之小腹絞痛，必煩熱，必口渴，必小便有异於常”。《千金》治小兒腹痛三方（地膚子湯、蒲黃湯等），均為氣熱攻血，故方中皆用黃芩。再如黃芩所治之黃疸，其特徵是“一身面目悉黃”（據《千金》治黃方），可知疸證非一身面目悉黃者不可用。泄利無熱者亦不可用。
鄒潤安指出：“仲景用黃芩有三耦焉。氣分熱結者，與柴胡為耦（如小柴胡湯等）；血分熱結者，與芍藥為耦（如大柴胡湯等）；濕熱阻中者，與黃連為耦（如半夏瀉心湯等）……故黃芩協柴胡能清氣分之熱，協芍藥能清迫血之熱，協黃連能清熱生之濕也。”就是這樣幾個最基本的藥物組合（即配伍），就可衍生出許多常用的方劑，如經方中的當歸散、黃芩湯、黃連阿膠湯，以及後世的芍藥湯等。
另外，黃芩還是止血良藥。仲景首用之於瀉心湯治吐血、衄血，又用於黃土湯治便血，再用於當歸散以安胎。後世如張景嶽雲其“能除赤痢、熱畜膀胱五淋澀痛”；徐大椿用黃芩清肺飲治孕婦衄血不止、脈數者；蒲輔舟用一味黃芩酒炒為末，治痔久出血等。
最後，鄒氏還就黃連之宜忌及為何主“婦人陰中腫痛”的問題作了分析。他說：“大抵陰中之疾皆始於小便，小便不利則濕壅熱生，濕與熱相搏則不得泄為腫，婦人前陰又為血潮汐之常道，於是遂涉血為痛。”他又強調指出：“黃連之治濕治熱須分別觀之。濕證之急者可用，緩者不可用，蓋濕緩者熱不盛，熱不盛則惡黃連之氣寒也；熱證之緩者可用，急者不可用，蓋熱證急者濕不盛，濕不盛則惡黃連之燥矣。”由此可見，黃連雖治濕熱，但只宜用於“濕急熱緩”之證。
總之，黃連與黃芩的异同點在於：黃連偏於入心，長於清火解毒，性燥，為心胃之劑，主治心中煩，兼治心下痞，下利，能調胃厚腸，治濕阻生熱，止消渴，解巴豆毒，擅除水火相亂之病及蔓延淹久之證。黃芩則長於清肺熱，其性雖寒而不燥、能治熱陰生濕，主治煩熱而出血者，治氣熱攻血之出血證及小腹絞痛或小兒腹痛，能安胎及治燙傷火瘍等。
黃連與黃芩，性相近而又各有專長，故二藥配伍則更能發揮協同作用，而清化濕熱之效益顯。