糞尿肥主要包括人糞尿、家畜類糞尿及廄肥等，含有氮、磷、鉀養分和各種微量元素及豐富的有機質，是生產綠色無公害藥材的首選肥料。在藥田中科學施用糞尿肥能提高藥材的抗病能力，降低硝酸鹽含量，改善藥材的質量。但值得注意的是，如果直接在藥材植株上澆施糞尿肥，也會污染藥材，產生病菌傳播。囙此，施用糞尿肥也要得法。
1.施用前的處理：為了有效地殺滅糞尿肥中的寄生蟲卵和傳染性病菌，必須在施用前進行無害化處理。通常可採用高溫堆肥法和糞池密閉法。也可採用毒物處理法，即利用對寄生蟲及病菌有毒的物質處理糞尿肥，如每100千克糞肥中加福馬林200毫升，封存1天或加50%敵百蟲片2克封存2天，也可加尿素1千克封存3天。有條件的地方可將積肥與沼氣發酵相結合，最好施用經過轉化後的有機肥、沼渣。沼液肥效高，能取得較好的生態效益和社會效益。
2.採用溝、穴施肥法：根據藥材植株大小、土壤濕潤狀況，施用腐熟的糞尿肥時需要對水稀釋，開溝或挖穴澆施，覆蓋泥土，防止肥料流失，提高糞尿肥的利用率。在藥材幼苗期追施糞尿肥，濃度要稀，用量要少，避免燒壞幼苗。此外，人尿中含有較高的食鹽，對忌氯藥材，如薑科的黃薑、沙薑、砂仁等不宜施用，以免影響產品品質。
3.忌用污水稀釋肥：一些藥農認為污水有肥效，喜歡用污水兌糞尿肥澆灌藥材，這樣會造成藥材的嚴重污染。因為污水中含有大量病菌、蟲卵、毒物和重金屬離子，容易誘發病蟲害，造成土壤污染，甚至影響後季作物。囙此，不論是工業污水還是生活污水，凡未經無害化處理，都不能用作藥材地灌溉及肥料對施用水。