危害茯苓的病害蟲有很多種，其病原菌主要是木黴、青黴、麯黴等真菌，它們主要危害料筒。另外，軟腐病主要危害茯苓子實體長成的大茯苓。
預防方法是：備料時將料筒先在地下墊枕木後碼起，下雨前，最好在料筒上蓋地膜或稻草，以防被雨淋濕。在栽培前一天，用0.1%高錳酸鉀溶液或1:800的多菌靈懸濁液；將所有料筒噴霧一次，以殺死真菌孢子或菌絲體。如果發現長成的大茯苓表皮軟腐，應及時採收加工。
危害茯苓的害蟲也有很多種，但最大的天敵是白蟻。可以說，能否防治白蟻，是茯苓栽培者能否獲得栽培成功和效益的首要條件。
白蟻的防治方法
1、隔年誘殺法
如果您想把某一塊農田準備拿來作為明年的茯苓栽培場所，那麼，今年立夏過後，您在這塊田中等距離挖3～5個0.5m3的小坑，坑中放入乾枯的松枝，用水潑濕，掩土，過半個月後，扒開覆土，如果發現有白蟻活動，您就用“滅白蟻靈”粉劑塗撒在白蟻身上，那麼，白蟻便會中毒相互傳染，最後傾巢死亡。這便為明年栽培創造了良好的條件。
2、加呋喃丹防治法
這是一種在栽培茯苓時另加農藥呋喃丹防治白蟻的方法。在栽培茯苓時，先在栽培場地分厢栽培時，每隔1尺遠挖深約15cm的小坑，坑中放入枯松樹枝和乾鬆毛，同時放一塊大拇指大的茯苓菌種，並在松枝松毛周圍均勻地、輕輕地放上10克呋喃丹，最後蓋土。覆土後，按前面方法栽培。