1、病害：白芷生產中病害發生較少，有時發生灰斑病和斑枯病。這種病由真菌中的一種半知菌引起，主要危害葉片。
病斑初期為暗綠色，後擴大成為白色融合成多角形大斑，後期在病葉上出現小黑點，最後致葉片枯死，一般5月初開始發病，直至收穫，危害時間較長，是白芷的重要病害。通常選擇白芷健壯無病葉植株。
防治方法：為减少病害的來源，增施有機肥料，改良土壤，增强抗病能力。生產上發生病害，前者可用1∶1.5∶300的波爾多液或65%代森鋅500倍液。從6月開始，連續噴2―3次；後者可噴1∶1∶100的波爾多液1―2次，以防感染，擴大危害。
2、蟲害：白芷的蟲害主要是苗期和花期危害，蚜蟲、食心蟲和黃鳳蝶，常見葉片或花吃光，影響植株發育和果實的成熟，食心蟲咬食種子，嚴重時可造成種子無收。
防治方法：可在幼蟲活動期進行人工捕殺。前者用樂果2000倍液，敵敵畏乳油1000―1500倍液噴霧毒殺；後者噴90%晶體敵百蟲1000倍液，每隔5―7天噴一次，連續2―3次。