山區利用退耕還林地套種中藥材，是提高土地利用率、增加農民收入的有效措施，但必須注意以下五大問題。
品種適應性
選定的中藥材必須適應當地的土壤、氣候條件，適宜在退耕還林地生長。由於退耕還林地一般為山區坡地，此類耕地多數土層薄、肥力差，易受旱。囙此應選耐瘠薄、耐乾旱、耐草荒的粗生易長中藥材品種，如柴胡、留蘭香、金銀花等。此外，還須考慮海拔、朝向、土壤濕度、樹齡大小等因素。如高山陰坡地可種耐寒喜陽的白芍、川芎；低山陰坡地宜種耐陰耐濕的魚腥草、絞股藍等。樹齡小時，可種植對光照條件要求較高的丹參、留蘭香等陽生中藥材；樹齡較大時，則必須種植對光照條件要求不高的黃連、黃精等陰生中藥材。注意大多數中藥材種植後3～5年均不宜重茬。
產品有效成分
含量有的中藥材雖能在退耕還林地套種，產量也高，但有效成分含量卻很低，商品性狀差，這樣的中藥材就不能盲目發展。例如許多高山中藥材，就不宜在低山種植。保證中藥材質量的簡單方法，就是優先發展當地有野生資源且過去化驗有效成分含量較高的品種。對引進的外地新品種，一定要先試驗，確認其產量與含量後，再在類似生態區域內推廣種植。
符合退耕還林政策
林藥套種，目的是為了穩住退耕成果，更好地退耕還林，不可舍本求末或本末倒置。在選擇套種的中藥材品種時，首先應選擇以收穫莖、葉、花、果等地上部分為主、一年種植可多年受益的中藥材，如金銀花、玫瑰花、木瓜等。其次，可選擇種植後需多年才能收穫或種後不必連年翻耕、地面綠色植被保持時間較長的中藥材，如牡丹、芍藥、留蘭香、薄荷等。總之，在退耕還林地不能套種與政策有衝突的當年生地下根莖類中藥材。
突出重點，統一科技標準
現代中藥材生產，必須走區域化、規模化、專業化、標準化的道路，林藥套種也不例外。各地應根據自身的資源與環境條件，通過認真分析、比較，因地制宜確定發展重點，並按照統一的種植管理科技標準組織生產。只有這樣，產品才有市場競爭力，才能獲得理想效益。
必須有良好的經濟效益
林藥套種目的是為了在還林的前提下增加農民收入，囙此必須講究經濟效益。這就要求林藥套種在藥材種類選擇、種植佈局、栽培技術、收穫加工等方面，儘量按市場要求運作，既要發揮地方優勢，又要注重市場變化；既要防止不問市場的盲目發展，又要防止脫離實際的趕價跟風。