一、科學規劃中藥材生產基地
對中藥材生產基地生態環境的調查分析，主要是對環境質量、土壤利用歷史進行研究。環境質量調查包括生產基地周圍和上游有無農藥生產企業、化工企業及其他會對中藥材產生污染的企業，生產基地生物群落的病蟲害狀況及其與中藥材的關係。種植基地土地利用情况調查，主要是對土壤施用農藥（尤其高殘毒農藥）的情况，以及當地農業生產中農藥的使用情况進行調查。在此基礎上作出合理規劃以避免環境對中藥材的農藥污染。
二、培育抗病蟲害能力較强的品種
現時，中藥材生產品種多數是混雜群體，如川麥冬從葉形、株形分就有4個類型，川芎從莖色上分就可分為3個類型，味連從花、果、葉分可分為3個類型。這些類型的產量特性、抗性都有一定差异，故進行品種培育不但要以質量、產量為重要名額，同時也應重視中藥材品種的抗性特徵，選擇綜合效益好的品種作為基地發展的主導品種，並要不斷選育新的優良品種，建立起良性的品種體系。
三、加强田間管理、减少病蟲害發生
田間管理對中藥材病蟲害的發展有較大影響，及時除草、清理田間、修剪病蟲殘株及枯枝落葉，結合深耕細作、冬耕曬土可大大减少病蟲害的發生率和為害程度。同時，通過水分田間管理既可調節中藥材生長，减少生理性病害發生，增强藥材抵禦病源菌的侵襲，又可控制致病微生物繁殖。
此外，施肥是中藥材優質高產的保障。但現時中藥材的施肥研究科技相當薄弱，根本談不上科學合理施肥。施肥的盲目性，造成藥材營養失去平衡，這是其產生生理病害的主要原因。因缺乏植物營養知識，將生理病害當作是病理性病害，噴施農藥進行防治的現象普遍存在，不但未解决生產問題，反而造成了浪費和農藥污染。
四、科學防治中藥材病蟲害
1、中藥材病蟲害的生物與農業防治
生物防治就是利用某種有益的生物消滅或抑制某種有害生物的方法，包括改變生物群落，以蟲治蟲、以菌治蟲、保護和繁殖有益動物等。如蠐螬是川麥冬的主要蟲害，蠐螬的成蟲是金龜子，金龜子以麻柳葉等為食物，故在川麥冬產區用其他樹種代替麻柳樹可以產生較好的生物防治效果。再如將七星瓢蟲移植到發生蚜蟲的藥材生產地，利用瓢蟲消滅蚜蟲就是一種以蟲治蟲的生物防治方法。
農業防治是通過栽培管理措施减少或防治病蟲害發生，促進藥材生長發育。常用的有合理輪作、合理間套作、調節播種期、合理施肥等。合理輪作使病菌和害蟲的寄主發生變化，對病菌和害蟲的生長、繁殖造成影響，從而减少藥材的病害與蟲害。合理間套作，作物間對害蟲的食料產生一定的隔離作用，微環境的差异對有些病菌繁殖條件的形成產生影響，減輕或控制病蟲害的發生。冬播或春季早播使紅花花期提前，可避開紅花實蠅成蟲產卵盛期與紅花現白期的重疊，可大大减少實蠅產卵於花蕾，降低蟲害，這是通過調節播種期防治蟲害。
2、藥劑防治
首先，要根據病蟲害的種類或病害的發生發展規律找出防治方法，適時防治。如栀子蛀枝蟲害的防治應在幼蟲出現時實施防治方能取得較好效果。在施用藥劑時，要對病害或蟲害的發生特性和農藥特性進行全面分析，做到對症用藥。一是要選用恰當的藥劑種類，防治病理性病害選用殺菌劑，防治蟲害選用殺蟲劑；二是要選用高效低毒低殘留農藥，禁止使用劇毒、高殘留或致癌、致畸、致突變的三致農藥，如防治蟲害可用馬拉硫磷、辛硫磷、敵敵畏、克蟎特等，防治病害可用百菌靈、多菌靈、三唑酮等；三是採用恰當的施用方法；四是防止藥材的農藥殘留。農藥施用時間除考慮病蟲害的防治效果，還應考慮對中藥材產品品質的影響，根據農藥殘留的時間長短，最後一次施藥要保證在收穫前產品中無殘留。如防治菌核病的异菌服，最後一次施用要在收穫前60天進行；而三唑酮的最後一次施藥離收穫的時間比較短，只要5天以上就可以。5改進加工與貯藏科技
五、規範中藥材加工技術
現時多數中藥材的採收加工都是沿用傳統的方法，且是分散在藥農一家一戶進行，很難保證品質穩定和統一。在加工過程中，常用保鮮劑、防腐劑處理，或用特殊煙熏，如白芷乾燥過程要用硫黃煙熏以殺死表面的病原菌，而試驗表明白芷若能及時乾燥，不用硫黃煙熏也不會發生腐爛。故建議藥材基地建立規範的中藥材初加工廠，分散種植的中藥材，可通過收購鮮藥材進行加工。這樣既可保證中藥材質量，又可通過規模加工、規範的分級包裝提高藥材附加值。這是中藥材產地加工的發展趨勢，也是實施《中藥材生產質量管理規範》的基本要求。
1、規範中藥材貯藏科技
蟲蛀、黴變、泛油、變色等是中藥材貯藏中的常見問題，傳統方法是噴灑防蟲藥劑、烘曬、煙熏等，這往往會引起中藥材質量變化或受到藥劑污染，改進傳統包裝、建立規範的貯藏設施迫在眉睫。如實行真空包裝或充入惰性氣體保存中藥材，破壞了蟲害與微生物的繁殖條件，能有效地防治藥材蟲蛀、黴變和泛油。有研究表明，利用密封材料實行真空低溫保存，麥冬可3～5年不出現蟲蛀、泛油。在建立中藥材倉貯設施時，應具備防鼠、防蟲功能、溫濕度調節功能及通風避光功能。