黑果病是枸杞的主要病害之一。病原菌危害枸杞的青果、花、蕾，也危害嫩枝和葉。山東、河北和陝西地區發病最嚴重，造成減產50%左右，嚴重時減產達80%。
枸杞青果感病後，開始出現小黑點或黑斑或黑色網狀紋。陰雨天，病斑迅速擴大，使果變黑，並長出橘紅色的分生孢子堆，不能入藥。晴天病斑發展慢，病斑變黑，未發病部位仍可變為紅色。花感病後，首先花瓣出現黑斑，輕者花冠脫落後仍能結果，重者成為黑色花，子房乾癟，不能結果。花蕾感病後，初期出現小黑點或黑斑，嚴重時為黑蕾，不能開放。枝和葉感病後出現小黑點或黑斑。
病原菌在病果內越冬，也可以分生枸杞在黑果表面越冬。主要通過風和雨水傳到附近的健康花、果、蕾等部位，浸染寄主，進行危害，溫度對發病起了促進作用。枸杞自5月上旬的初果期至10月中旬的末果期，均可受到該病浸染。初期（5-6月份），日平均氣溫17℃以上，相對濕度60%左右，每旬有2-3天降雨，田間可發病。盛期（7―9月份），日平均氣溫約17.8-28.5℃，旬降雨在4天以上，連續兩旬的平均濕度在80%以上，發病率猛增。後期（10月至初霜期），旬平均氣溫9.2-14.6℃，田間只要有一天以上的雨日，病害仍會有較重發生。
防治的方法是，冬季清理枸杞園，把染病的果、葉、枝等清除燒毀；噴50%退菌特可濕性粉劑600倍稀釋液；噴等量式波爾多液100倍稀釋液。