秦瓊與程咬金兩人關係比較好，並且都是“不耻王世充奸詐的為人”，轉而投奔了唐高祖李淵，並且在李淵的命令之下，在李世民府上擔任軍職。在王世充麾下時，秦瓊為龍驤大將軍，程咬金為將軍，可見秦瓊的官職在程咬金之上。在兩人來到李世民麾下後，因為兩人都已經有了任職經歷，所以得到重用，直接任命官職。
眾所周知，秦瓊武藝高超、勇冠三軍，在開朝過程中秦瓊可謂勞苦功高，比起程咬金功勞更大，但是淩煙閣排名中程咬金卻在秦瓊之上，最後程咬金獲封世襲國公，秦瓊卻只是一個普通國公。要知道，世襲國公的子孫後代能够享受的福蔭豈是普通國公能比的？那麼，為什麼秦瓊會受到如此“不公平”的待遇呢？
顯慶元年（656年）八月，程咬金任葱山道行軍大總管討伐西突厥阿史那賀魯。結果副總管王文度跟大先鋒蘇定方不合，王文度嫉妒蘇定方戰功卓越，便對程咬金宣稱自己有皇帝密旨，程咬金信以為真，對王文度所言是句句聽從，最後導致唐軍出兵西線勞師無功，還屠城恒篤城，造成非常惡劣影響。
秦瓊被封翼國公的時間與程咬金是同一年，史料記載秦瓊參與了玄武門之變，但其實秦瓊並未直接參與，沒有發揮重要作用，功勞遠不如長孫無忌、尉遲敬德，甚至不如段志玄等人，這就制約了他後來的進步。