由於苗族沒有本民族文字記載的醫籍，這同苗族社會歷史發展的各個時期很難確定一樣，苗族醫藥發展無明顯的分期。但苗醫發展史上確實存在一段較長的“巫醫合一”的時期，《說苑辨物》上所說的“苗父”屬於這種情況，《宋史‧蠻夷列傳》載：“西南諸夷，漢（yangke）地，……，疾病無醫藥，但擊銅鼓、銅沙鑼以祀神。”苗族人民喜用銅鼓，用它祀鬼神以治病，是較早時期的情况。
我國漢族地區在春秋時期，巫與醫已經完全分離，但經濟科學文化落後的苗族，卻比較完全地保存了“巫醫合一”的特點。道光《鳳凰廳志‧風俗篇》載：苗族民間“疾病延醫服藥之外，惟祈禱是務，父母病則延老者，十八人牲牢為請命於神，謂之打十保護。童子病則延巫為之解煞，名曰楊關。”這種“巫醫合一”的管道，用苗族的俗語來講，叫做“巫醫一家，神藥兩解”，到清代還很盛行，民國《劍河縣志》載：“民知尚稚，篤信鬼神，患病者不事醫藥治療，惟氣靈於巫祝，有跳神走陰諸名色”。
民國《興仁縣志》載：“黑苗巫曰密那，遇病延之，殺犬而禳，名曰打老魔。”上述記載很多，除方志外，清‧田雯《黔書》載：“苗人……病不服藥，惟禱於鬼，謂巫為鬼師，鬼師乘以愚人”。清‧梁雪繩《黔苗詞》中曰：“寨旁石岩屋湄邊，手攜力弩作嬉嬉，病來不解神農藥，殺犬屠牛事鬼師。”可見苗族醫藥中，巫師治療疾病並非個別現象，而是一個歷史現象。有的地方延續至今，呈現了十分複雜的情况。
苗族的巫師，在湘西稱“巴對雄”，在黔東南稱“相孬嘎”，在川滇黔交界區稱“篤能”，女巫又稱“迷婆”或“迷那”。苗族在歷史上由於苗巫文化的影響而篤信鬼神，日常生活中婚、喪、疾病、節日，都要請巫師主持祭祀儀式。許多村寨都有1～3名巫師、巫師必須熟習各種鬼神的名稱、性質和祭祀的方法，會背誦咒語。
人生病時，苗巫師對病人施行巫術，稱“過陰術”或“望鬼術”，有一套完整的方法。單純以巫術治病，除了有心理治療作用外，一般與醫學無關。但巫師是苗族早期社會的一種分工，他們又是本民族最早的知識份子，由於醫藥經驗的積累，有一部分巫師掌握了一些醫療科技，施行巫術的同時，還兼用草藥和其它方法治病，後來巫師由於社會地位的下降而衰落了，他們當中一部分人分化為職業苗醫，但在行醫過程中，程度不同地包含著巫術的內容和形式。
苗醫外治法還有很大一部分是起源於巫術，雖然它們已完全脫離了巫術的內容與形式，如苗醫的滾蛋療法，最早是巫師敲蛋占卜望鬼時，為加强其法術的神秘性，將煮熱的蛋滾動全身而形成。滾蛋療法在苗醫中廣為流傳。操作簡便，療效較好。更為獨特的是，苗醫應用滾蛋後蛋壁和蛋黃的顏色變化以診斷並預後疾病，這同巫師敲蛋占卜有著某種聯系，構成了苗醫的診法特點。其它如化水療法、踩鏵口療法等，也有類似情况。
另外，在臨床治療中，一些苗醫（或病人自己）主張神、藥結合，一方面用藥治療，一方面求神請祖。由於對許多疾病的發生無法解釋，對危重病的發展死亡無法理解，只好求助於鬼神而與巫“合作”，既彼此利用，又互相對峙，形成“巫醫一家、神藥兩解”的局面，據黔東南10個縣的調查統計，巫與醫並用的現象至今在某些局部地方仍然存在著。
“巫醫合一”是苗族醫學發展史中的一種特殊的歷史現象，是由於缺乏科學知識，社會發展緩慢而又極不平衡的歷史原因造成的，說明了苗族醫藥的形成過程，脫離巫術的不徹底性和複雜性。
但對“巫醫合一”情况應作具體的分析，不可一概而論，雖然巫術阻礙了醫學的發展，但並未吞噬醫學的精華，從而封锁醫學的破土而出，這是由於苗族醫藥紮根於山區的羣衆之中，又有幾千年的實踐經驗作為基礎的緣故，不能以此作為否定苗族醫藥存在的理由。今天，由於苗族文化知識的提高，這種“巫醫一家”的狀況已逐步解體。