明末清初，蒙古族分為三部：漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古、漠西厄魯特蒙古。厄魯特，蒙古分為和碩特、準噶爾、土爾扈特、杜爾伯特四部。其中準噶爾部勢力最强，其先後購並了土爾扈特部以及和碩部的牧地。噶爾丹執政時，準噶爾部勢力更强。隨著準噶爾勢力不斷膨脹，噶爾丹的野心也越來越大。此時，沙皇俄國也正瘋狂擴張，為了侵佔中國西北而不斷唆使噶爾丹叛亂。在沙皇俄國的支持下，噶爾丹終於率兵進攻喀爾喀蒙古。
1688年，噶爾丹親自率兵攻佔喀爾喀地區。喀爾喀三部首領倉皇逃往漠南，向清廷求援。康熙將他們安置在科爾沁（今內蒙古科爾沁旗）放牧，又勒令噶爾丹停止戰爭。噶爾丹不但不聽反而率軍南下侵入烏珠穆沁境內。面對噶爾丹倡狂南下，康熙下令徵集兵馬，準備北上。1690年六月，康熙親征，分兩路出擊：左路軍從古北口（今河北灤平南）、右路軍從喜峰口（今河北寬城西南）迂回北進，準備在烏珠穆沁地區消滅噶爾丹。康熙親自指揮，並命令塞外地區將領率各部協同作戰。右路軍北進初戰不利向南撤退。噶爾丹乘勢南下，進抵烏蘭布通。清左路軍也抵達烏蘭布通南側，與右軍會合。馬蘭布通地勢險要，噶爾丹背山面水列陣。清軍隔河佈陣。八月初一，兩軍交戰。清軍先集中火銃火轟擊噶爾丹駝陣，將駝陣斷做兩部，然後渡河進攻。噶爾丹戰敗，倉皇北撤。
噶爾丹戰敗後仍不死心，他召集舊部，企圖東山再起。為了預防噶爾丹再次南下，康熙加强邊防守備，穩定安撫喀爾喀蒙古貴族，又專門訓練阿兵哥使用火銃火炮。
1694年，清廷詔噶爾丹會盟，噶爾丹不但抗命不至，反而發兵入侵喀爾喀。康熙决定誘其南下一舉將其殲滅。為此，清軍積極做好戰前準備。
1695年九月，噶爾丹率領3萬騎兵，大舉內犯。第二年二月，康熙調集9萬軍隊兵分三路親征。他親自率領的中路軍經科圖（今內蒙古蘇尼特左旗北）向漠北挺進，逼近敵軍。噶爾丹得知康熙親自率精銳前來，而清西路軍又已過土剌河，恐被夾擊便連夜西逃。五月十三日，清西路大軍抵達昭莫多（今蒙古烏蘭巴托東南），與噶爾丹軍相隔15千米紮營。昭莫多地區多森林。清軍將領採取以逸待勞、設伏截擊的策略，將主力隱匿於樹林之中，並派出400騎兵誘使噶爾丹軍進入設伏地點。噶爾丹果然率軍追擊，企圖攻佔清軍控制的山頭。清軍將領孫思克率軍駐守，雙方激戰。費揚古趁機指揮伏軍迂回到敵後，並分兵襲擊陣後家屬、輜重。噶爾丹軍大敗。清軍乘勝追擊，俘殲敵軍數千人。噶爾丹西逃。
噶爾丹率軍東侵之際，後方叛亂。1697年二月，康熙再次親征。噶爾丹眾叛親離，服毒自殺。
噶爾丹如何帶領部落不斷擴張？
噶爾丹是衛拉特蒙古準噶爾部首領巴圖爾渾臺吉的第六個兒子。1670年，噶爾丹殺兄繼承臺吉之比特。而後，他出兵擒獲其叔父楚琥爾烏巴什，攻佔和碩特部首領鄂齊爾圖車臣汗。1678年二月，他又率軍攻青海，行軍是一天後，唯恐清兵從甘肅關外阻斷其後路而中途撤兵。1679年夏，噶爾丹兩次出兵攻佔哈密、吐魯番。西藏達賴喇嘛曾封噶爾丹為“博碩克圖汗”。1680年，噶爾丹應達賴喇嘛的邀請出兵參與伊斯蘭教“白山派”首領阿派克和卓與“黑山派”的鬥爭，趁機奪取南疆地區。噶爾丹率軍經過阿克蘇、烏什等地攻入喀什噶爾（今新疆喀什）。葉爾羌王伊斯瑪伊勒汗子巴巴克蘇勒坦出兵迎擊，兵敗身亡。噶爾丹在佔領喀什噶爾後，又奪取了葉爾羌，俘虜了伊斯瑪伊勒汗。至此，噶爾丹兼有四衛拉特，將南疆地區控制在手中，隨後他轉入攻打漠北喀爾喀蒙古。
噶爾丹死後，清是如何平定準噶爾地區的貴族分裂的？
噶爾丹死後，策妄阿拉布坦成繼位。在沙皇俄國的支持下，策妄阿拉布坦不斷襲擊科布多、巴里坤、哈密等地區清軍駐守的軍事重鎮，並派兵入侵西藏。康熙及時派兵協助西藏將準噶爾的反叛勢力驅逐出去。康熙去世後，雍正繼續平叛。雍正五年（1727年）冬，策妄阿拉布坦去世，他的兒子噶爾丹策零繼位繼續反叛。從雍正六年以後，清軍多次征繳噶爾丹策零叛軍。
十年七月，噶爾丹策零率軍襲擊在塔半爾河駐紮的清軍。八月初，清軍3萬精騎夜襲其營，準噶爾軍敗逃。清軍乘勝追擊至光顯寺殲滅敵軍，噶爾丹策零被迫投降。乾隆十年（1745年），噶爾丹策零死後，準噶爾部發生內亂，達瓦齊繼位。乾隆二十年（1755年）二月，清廷以5萬精兵直搗伊犁，達瓦齊兵敗被俘。不久，降清的阿睦爾撒納聚眾叛亂。二十二年春，清廷派兵由巴里坤等地分路進軍，叛軍潰敗，阿睦爾撒納逃往沙俄。至此，清軍平定了準噶爾貴族分裂叛亂。
此戰，清平定噶爾丹的叛亂歷經8年，連續發動3次進攻。噶爾丹叛亂的平定，維護了西陲邊疆的安寧，也積累了豐富的遠途作戰的經驗。