凉州之亂幾乎讓朝廷放弃討伐了，凉州之亂歷經的時間非常久，死傷無數，百姓也是顛沛流離，下麵我們來看看凉州之亂的經過如何？
185年春，叛軍已達數萬人，進軍漢故都長安。朝廷任征討黃巾的名將皇甫嵩為左車騎將軍，防禦長安。但皇甫嵩初期無功，因宦官誹謗，上任四個月後於七月被免職。
凉州的持續叛亂使國庫大損，朝廷不得不課稅、徵召勞力以應戰。司徒崔烈建議放弃凉州。議郎傅燮則發表了一篇激動人心的演說，譴責崔烈，並強調凉州地處前線的重要性：“凉州官員失和，使整個凉州落入叛逆之手。崔烈身為宰相，不想著為國家想平定它的辦法，卻想割弃一方萬裏的土地，臣竊以為疑惑。
如果讓左衽的蠻夷佔領此地，軍力强盛並作亂，這將是天下最大的顧慮和社稷的深切憂患。如果崔烈不知道這一點，他就太蠢了；如果他知道了還這麼說，是不忠。”傅燮的說辭打動了漢靈帝，他拒絕了崔烈的建議。傅燮被任為漢陽太守，派往前線。
八月，司空張溫被任為車騎將軍以代皇甫嵩。新任破虜將軍董卓、蕩寇將軍周慎等均在其帳下效力。張溫所部十萬餘人馬行至美陽紮營。邊章和韓遂也率本部來美陽作戰，雙方勝負未分，張溫一度未能取得優勢。十一月，一顆流星墜入叛軍營寨，叛軍軍心動搖。董卓趁機突襲，擊潰叛軍，迫使邊、韓向西退入金城郡的榆中（今蘭州附近）。
此戰得勝後，張溫兵分兩路追擊叛軍：周慎率軍三萬攻榆中，董卓率軍三萬追擊湟中義從胡。但周、董都戰敗了。周慎不顧部將孫堅切斷敵軍糧道的建議，結果自己的糧道反遭敵軍切斷，只得倉皇撤退；董卓在望垣被羌人包圍，糧食耗盡。董卓在河上築堤壩，作捕魚蝦狀，卻秘密率軍渡河，得以逃脫。羌人想追擊時，因被堤壩攔截的河水太深而無法渡河。此次進攻，諸將中只有董卓全軍而還。[5]
雖然美陽之戰封锁了叛軍向漢朝的心臟地帶進軍，因漢軍進攻失敗，叛軍仍在黃河上游保有勢力。渭河上游河谷成為雙方爭奪的地區。
地方勢力試圖恢復中央政權（186年—187年）約186年冬，叛首邊章病亡，北宮伯玉、李文侯死於內訌。新任凉州刺史耿鄙認為可以從中取利，試圖在沒有來自其他地區的大軍援助的情况下在凉州重建漢庭的統治。傅燮試圖勸阻，稱百姓並未習慣耿鄙這個長官、軍隊也沒有時間建立士氣，但耿鄙仍自行其是。
187年，耿鄙集結六郡軍隊攻地處西疆的隴西郡。先前因隴西郡太守李相如倒戈，隴西郡為韓遂軍所占。但耿鄙任用貪官程球為治中，讓士紳和百姓寒心。四月，軍隊開至隴西郡治狄道時，耿鄙軍發生兵變，程球和耿鄙都被殺死。變兵在狄道人王國帶領下加入叛軍，合圍隴西以東的漢陽。傅燮身為漢陽太守，善待百姓，遠近敬重，叛軍在和他作戰時躊躇了。叛軍數次試圖說服他逃跑或投降，但儘管人力物力日益短缺，傅燮仍决心誓死守城。在一場孤注一擲的衝鋒中，傅燮陣亡。
此事後，耿鄙下屬軍司馬馬騰率本部投韓遂，共推王國為帥，叛軍一齊劫掠長安周邊地區。他們也首次統治了整個凉州。張溫因而因平叛失敗被解職。
220年，曹操過世，其子曹丕迫使獻帝遜位，建立曹魏王朝取代漢朝。他在位時，西北郡縣得以重新設立，西北地方只爆發了少數當地人的叛亂。222年，因凉州一連串戰亂中止的和中亞的貿易得到官方重建。
儘管有此成果，中原對西北的權勢掌控弱於凉州之亂之前的漢朝。和漢朝相比，曹魏的西北領土收縮了，因為一些原郡縣如宋建在枹罕建立的王國被直接廢棄了。該地區的中原人口縮小，終為南面山裡的羌人和氐人制服。凉州之亂後一個多世紀，羌人、氐人和其他華北遊牧族群一起推翻了上級中原政權，在華北建立了胡人邦國。