萬曆早期引起群臣進諫的主要事件是國本之爭，即立太子的問題。因為萬曆不喜歡他的長子朱常洛，想立他所寵愛的鄭貴妃之子朱常洵為太子，大臣們以維護祖制為名，掀起了勸諫的狂潮，這場長時間的君臣拉鋸戰被稱為“國本之爭”。
萬曆不喜歡朱常洛母子，是因為他們與一樁醜事聯系在一起。萬曆九年（1581年）的一天，萬曆皇帝像以往一樣來到慈甯宮向他的母后請安，不巧的是太后不在慈甯宮，慈甯宮的一名年僅十七歲宮女王氏向十九歲的萬曆獻茶，萬曆見這位宮女端莊秀美、姿色宜人，一時衝動寵倖了她。這件事情做得很不合適宜，時間是在向母后問安時，地點在母後宮中，人物是母后身邊的宮女，事件是淫事，所有要素均不符合儒家倫理道德。
明代講究禮義廉恥，對於飽讀聖賢之書的萬曆來說，這無疑是一件失禮且令人感到羞愧的事，在他內心肯定不想讓人知道這件事。然而王氏十分不給面子，竟然暗結朱胎，懷了龍種，將皇帝這點隱私暴露在大庭廣眾之下，令他十分難堪。
身邊美女如雲的萬曆怎麼會看上母後宮中的一個宮女，而且還有如此高的命中率？他是一時衝動，還是掉進了別人有意設計的陷阱？這位宮女是純屬被動，還是為了改變自己的命運有意設計？如果說其中有陰謀，她是自己主動勾引，還是秉承太后懿旨？我們無法知道具體的細節，但我們可以想像，萬曆肯定對這個“拉鍊門”事件的女主角有所不滿。
慈聖皇太后一直期待著皇長孫的誕生，對於這次兔子吃窩邊草的事件不僅不見怪，還十分欣喜，第二年六月，她要求萬曆承認此事，並封宮女王氏為恭妃，萬曆本想抵賴，但是太后拿出了太監所記內起居注，他只好承認。八月，被册封陞級的王恭妃不負眾望地產下了一個兒子，萬曆卻一點也高興不起來。
同年三月，年僅十四歲大興人鄭氏被選入宮並册封為淑嬪，在以後的兩年裏，鄭氏依靠她的美貌、聰明以及在歌舞、詩詞等方面的良好修養征服了萬曆，不久就被封為德妃，萬曆與鄭氏的感情是真正的愛情。
萬曆十四年（1586年），鄭氏為萬曆產下了他們的愛子朱常洵，萬曆大喜過望，打算晋封鄭德妃為地位僅次於皇后的皇貴妃。而先前為萬曆產下長子的恭妃王氏卻沒有得到這樣的待遇，於是宮中盛傳萬曆欲立鄭貴妃之子朱常洵為太子，並寫有信物交鄭貴妃保存。
按照明代“立嫡、無嫡立長、兄終弟及”的繼位制度。朱常洵是沒有機會超過他的哥哥朱常洛的，然而，一旦皇后去世，鄭貴妃可以昇為皇后，這樣按照有嫡立嫡的法則，就可以名正言順地立朱常洵為太子。
“國嘴們”相信萬曆晋封鄭德妃為皇貴妃是為朱常洵接班鋪路搭橋，於是紛紛上疏指責皇帝專寵鄭貴妃，要求按照制度和習慣先晋封皇長子朱常洛的生母恭妃王氏為皇貴妃，也有人直接要求“册立東宮”，由此拉開了對明代政治影響深遠的國本之爭的帷幕。
對於國本之爭，大多數人都認為錯在萬曆，但事情並不是那麼簡單。萬曆很可能有廢長立幼的想法，長子朱常洛是“拉鍊門”事件的產物，次子朱常洵則是真正愛情的結晶，萬曆心中應該厚薄不均，群臣的責備並非完全是無理取鬧。但是按照《大話西遊》裏唐僧的說法，萬曆廢長立幼只是一個構想，還沒有成為事實。况且皇后還年輕，生嫡子的可能性不能排除，萬曆並沒有違反祖制，所以群臣沒有必要搬出觀音姐姐（朱元璋），逼迫孫悟空（萬曆）就範。
當時的文臣中，希望通過刺激皇帝使皇帝記住他們名字甚至希望通過皇帝一頓斥駡、痛打、貶謫而沽取清譽的人不在少數。維護繼位祖制，在政治上永遠正確，無疑是一個很好的炒題，那些責備萬曆的言官動機並不單純。
萬曆認為册封貴妃與立儲沒有關係，大臣不該把這兩件事聯系起來，他斥責群臣“屢借風聞之語”，找他的毛病，而對於“鬻貨欺君，嗜利不軌”這類真正的問題卻視而不見，實在是“好生可惡”。對於這類奏章，他說：“此不過欲沽名爾，若重處之，適以成其名”，於是“卷而封之”，這就是萬曆“不批”的由來。
黨爭形成以後，言官淪為黨爭的打手和先鋒，其擁有的監察權和話語權淪為鬥爭的工具，各種冠冕堂皇的議題背後，往往藏著不可告人的目的，令執政者眼花繚亂，進退失據，出現了朝廷大員甚至皇帝被小小言官左右的奇特現象。
萬曆二十九年冬，萬曆正式册封朱常洛為東宮太子，然而國本問題不僅沒有囙此結束，反而變本加厲，那些在黨爭中受到皇帝處理的人利用繼位問題製造了“《憂危竑議》妖書案”、“《續憂危竑議》妖書案”、“梃擊案”等案件，以此打擊政敵、轉移焦點或是報復皇帝。
與進諫動機日趨複雜化相適應，萬曆的冷處理也不斷陞級，由不批發展到不朝、不任免官員，這種“獨到”的處理管道，被許多人認為是怠政。