北京是清朝的京城，號稱“首善之區”。乾隆後期至嘉慶前中期，由於統治階級過度的搶奪、購並土地，以及官吏貪污、營私舞弊盛行，經濟發展緩慢，人民生活貧困。據史載，京城外數十裏之地即如窮鄉僻壤，廣大人民家無積蓄，“一遇凶年，支絀立見”。嘉慶時期，京畿地區和直隸、山東、河南三省佔有數百上千畝土地的地主比比皆是，而廣大農民終歲辛勞，“服田力穡，乃亦有秋季啼饑號寒，幾於無生”之人。嘉慶十七、十八年，上述地區連遭自然灾害，到處都是“歉收處所”，京畿有的縣一畝地只打一二鬥糧食。
廣大人民衣食無著，“皆以草根樹皮糊口度日”，地方官吏又乘機催科、派差，更加重了群眾的負擔，以致“思亂者眾”。京畿地區終於在嘉慶十八年九月，由以破產農民和手工業工人組成的天理教發動了驚人的“紫禁城之變”。這次起義失敗後，嘉慶帝“幾暇靜思其變故”，不得不承認“總由貧困而起”。這確是問題的癥結所在。
天理教是由活動在京畿地區的弘陽教、坎卦教和活躍在直魯豫地區的以震、離二卦為主的八卦教聯合組成的一個民間秘密宗教團體，首領主要是林清（京畿）、李文成（河南）、馮克善（山東）。
他們從傳教收徒、擴大組織到武裝起義，經過了長期的準備。早在嘉慶十六年（1811），三人就多次秘密集會，製定起義計畫，决定由林清負責先攻取北京，李、馮在分別奪取河南、山東後派人馬接應，會師後，趁嘉慶帝巡幸回鑾中，將滿族統治者趕回東北。
從嘉慶十六年起，林清就在京畿一帶積極傳教收徒，為起義做準備。他命令天理教骨幹李五在固安縣加緊打制刀槍武器，又從居住在宛平縣的天理教信徒中選拔精壯青年200餘人，每天舞弄槍棒，進行操練，組成了一支起義軍。
同時，林清又秘密聯絡宮中地位低微的太監，使他們成為起義軍進攻紫禁城的嚮導和內應。
嘉慶十八年初，林清在京畿地區廣泛宣傳奪取天下的思想，製造了各種讖語，如“若要白麵賤，除非林清坐了殿”、天理教“要改天換地了”等，實際上成為了起義的一種輿論準備。八月，林清和李文成派來的劉成章共同議定了京畿地區起義的具體計畫，决定以“奉天開道”白布旗為標誌，暗號是“得勝”，組成一支100餘人的隊伍，每人頭上、腰間各纏一塊白布，上面寫著“同心合我，永不分離”或“四季平安”字樣，作為識別標誌。
林清還决定，起義軍分東西兩路，分別在太監劉得財、劉金、楊進忠、高廣幅等帶領下，由東、西華門攻入紫禁城。
正當起義準備工作基本就緒之際，河南李文成等人因機密失泄被捕。為搭救李文成等人出獄，其部下於九月初七日提前起義。林清卻因不知此事，仍按原計畫行事。