南朝領土南朝疆域方面，南朝宋繼承東晉疆域，基本上為二十二州上下。河南地於太初四年（422年）之後逐漸被北魏併吞，改以淮水為界。南朝齊基本上同南朝宋為為二十二州上下，可是相繼失去雍州沔北及淮南豫州之地。南朝梁時州郡設定和疆域變化很大，因北伐獲得淮北之地，一度達河南地。又開拓閩、越、平俚洞，破牂柯。到539年共有大小不一的一百零七個州。侯景之亂後，北齊佔領江北淮南之地，西魏佔領漢中巴蜀。西魏又受蕭詧之托，率軍奪下南朝梁江陵以北之地，建立附庸國西梁。南朝陳成立後國土不多，至569年開始陸續收復淮南及部份淮北之地，並且一度奪下北齊長江以北之地（573年—577年）。到陳末時受北周入侵使得國土减少，僅剩長江以南至交廣地區。
北朝領土北朝疆域方面，北魏自代北之地崛起，至439年統一華北而結束十六國時期。其屢次入侵劉宋，佔領山東、河南與淮北地。又取南朝齊淮南地及南朝梁漢中、劍閣一帶。至此疆域北至漠南草原，西抵西域東部，東達遼西，南達江漢流域。在擴充領土期間，州郡多因時制宜，到487年開始整頓。到北魏孝明帝之後領土减少，州郡濫置。魏分東西後東魏有八十州，西魏有三十三州。北齊建立後，開始整頓政區規劃，廢除三州、一百五十三郡及五百八十九縣。北齊江淮之地後被南朝陳占領。西魏屢次攻佔南朝梁巴蜀之地與江漢之地。北周武帝滅北齊，取南朝陳江淮之地，領土大大擴充。
南北朝都城宋、齊、梁、陳：建康（在今江蘇省南京市）西梁：江陵（在今湖北省荊州市荊州區）代：盛樂（在今內蒙古自治區和林格爾縣）北魏：平城（在今山西省大同市）→洛陽東魏、北齊：鄴（在今河南省安陽市北）、晉陽（在今山西省太原市晉源區）西魏、北周：長安（在今陝西省西安市）