南京中醫院座落在聞名海內外的南京夫子廟，是一所集醫、教、研和康復為一體的三級甲等綜合性中醫院。醫院創建於1956年，經過半個世紀的風雨滄桑，幾代人的艱苦創業，現時醫院占地面積19300平方米，醫療用房44000平方米，定編床位404張，科室設置齊全，年門診量51萬餘人次，年收治病人近一萬人次。
南京中醫院現有高級衛技人員145人，其中享受政府特殊津貼的6人，國家級師承指導老師7人，省級名中醫11人，省級名中西醫結合專家3人，市級名中醫23人，市級名中西醫結合專家2人，教授、副教授、講師219人，博士、碩士生導師22人。擁有丁澤民、劉永年、高淑華、丁義江、莫燕新等一批著名的國家、省、市名醫，他們以百姓的健康為己任，勤求醫訓、廣采眾長，醫術醫德響譽海內外。
南京中醫院擁有眾多高精尖醫療新設備，包括螺旋CT、DR、DSA、數位胃腸機、CR、彩超、高壓氧艙和血透機等，其中萬元以上醫療設備512臺，醫療設備總價值達7000萬元。
南京中醫院的特色專科、特色科技迅猛發展，不斷創新。
肛腸科是全國中醫肛腸專科醫療中心、國家級重點學科、“十一五”重點專科、江蘇省“135”中醫重點學科、“江蘇省示範中醫重點專科”、南京市重點專科。在全國中醫肛腸學會名譽會長、博士生導師丁義江教授的帶領下，取得了令人矚目的成果。中心下設醫療部、科研部及教學部，共有146張床位，診治病種包括痔、肛瘺、便秘、大腸炎性疾病、大腸腫瘤、先天性肛腸疾病等60餘種，一些疾病的診治、科研水準全國領先，並試刊了《中西醫結合結直腸病學》雜誌。
腦血管病科成為國家“十一五”重點專科，同時還被江蘇省評為“江蘇省示範中醫重點專科”，“多發性腦梗死”被列為“十一五”重點專病强化建設項目。該科採用國內、外先進科技診治腦血管病，在華東地區首家實施卒中單元，並形成獨具特色的突出中醫、中西醫結合、針藥並用、急救與康復的治療體系。
婦科是省級中醫重點專科建設單位、市級中醫重點專科，其“更年期綜合征”被列為國家“十一五”重點專病建設項目，該科研究多種製劑，對診治更年期綜合症、不孕症及功能性子宮出血等婦科疾病效果良好，並具有很强的綜合應急能力，擁有宮、腹腔鏡，開展各項婦科手術、中孕引產、無痛人流等。
骨傷科是省、市級中醫重點專科。該科採用傳統手法、中藥內服外敷、介入、手術等手段治療各類骨折、脊柱相關疾病、腰椎間盤突出症、頸肩腰痛等骨傷疾病有獨特療效，顯現出了中醫、中西醫結合的治療優勢，其中雷射介入治療頸、腰椎間盤突出症居省內領先。
腫瘤科是江蘇省中醫臨床重點專科建設單位，南京市中西醫結合疼痛治療中心，在南京市較早成立內生場熱療中心。利用中醫藥治療，熱療，腹腔灌注化療，術前和術後輔助化療，生物免疫治療等綜合治療方法，微泵24小時持續滴注化療，療效明顯，在腸癌的診治上處於領先水準。
針灸科是省級中醫重點專科、世界衛生組織國際針灸培訓中心臨床基地。該科運用中醫瑰寶――針灸開展了普通針灸、水針、腹針、浮針、頭針、灸療、經絡整脊等療法，治療眩暈、肩周炎、頭痛、中風、面癱、頸椎病、腰突症、肥胖病、高脂血症、尿路感染及結石、哮喘、及神經系統、消化系統等各類疾病，診治效果顯著。
老年科是南京市中醫臨床重點專科建設單位，該科對骨質疏鬆症、高尿酸血症、老年性癡呆及亞健康狀態、中醫養生、康復等為重點的專病研究已具一定成效。特色製劑：六味骨仙飲、丹橘膠囊等。
消化科是南京市中醫臨床重點專科建設單位，以傳統中醫中藥和現代醫療科技相結合治療消化系統多發病、常見病，對各種疑難病如潰瘍性結腸炎、反潰性食道炎等療效獨特，多次獲市科技進步獎。
急診科是南京市中醫臨床重點專科建設單位，集120急救、急診、搶救、ICU留觀病房為一體，設有內、外、婦、兒、骨傷、五官、口腔、眼科診室，運用中西醫結合綜合手段及現代化的醫療設備救治各類危急重症患者。
養生康復中心以突出傳統醫療優勢，針對亞健康人群和特需醫療市場的需要，利用中醫中藥的獨特優勢，構建了高層次的診療服務平臺，強調未病先治的觀點和個性化服務理念為服務物件設計了獨特有效的保健和治療方案。開展藥茶、藥浴、按摩、推拿、理療、藥膳、名專家方劑及膏滋等康復醫療。
醫療科技的全面發展，帶來了科研、教學上雙豐收。近五年，醫院獲市以上科技進步獎20多項，科研工作還實現了數項“從無到有”：首次承擔國家級十五攻關項目並與2007年通過驗收；首次獲國家自然科學基金資助和江蘇省自然科學基金資助；首次獲教育部博士點基金專案資助。教學隊伍不斷壯大，教學水准明顯提高，1998年醫院為江蘇省醫藥院校附屬教學醫院首批達標組織，人才培養初見成效，一批中青年學科帶頭人及其後備人員脫穎而出，深受羣衆歡迎的名中醫數量不斷增加。多年來一直承擔南京中醫藥大學理論教學，近五年帶教實習畢業生4000多人次，先後多次被江蘇省中醫藥管理局、南京中醫藥大學評為教學管理先進單位。針灸科還是南京中醫藥大學國際教育學院針灸教育培訓基地，已為30多個國家和地區培訓針灸醫師千餘人。
醫院現為中國中醫藥學會肛腸分會、江蘇省中醫腦病專業委員會、江蘇省中醫兒科專業委員會、南京市中醫藥學會及南京針灸學會的掛靠單位。醫院廣泛開展國際學術交流，先後有30多位專家赴日本、美國等20個國家和地區講學、訪問；日本、奧地利等十多個國家醫學專家來院訪問與學術交流。
開放進取的南京中醫藥大學第三附屬醫院（南京市中醫院）將繼續發揚“敬業、仁愛、求實、創新”的醫院精神，堅持中西醫結合，堅持繼承與創新，堅持以病人為中心，堅持誠信為本，一個基本現代化的南京市中醫院將成為祖國醫學園地上一支更加豔麗的奇葩！
公交車乘坐方法：
1、南京車站－夫子廟（南京市中醫院）
南京車站（1路）－夫子廟
2、長途東站－夫子廟（南京市中醫院）
長途東站（北）坐311路在楊公井換乘1路/遊2路到夫子廟（太平南路）
3、南京汽車站－夫子廟（南京市中醫院）
南京中央門汽車站（1路）-夫子廟
4、漢中門－夫子廟（南京市中醫院）
漢中門坐9路/5路、在新街口（東）換乘1路到夫子廟（太平南路）
5、中山碼頭－夫子廟（南京市中醫院）
中山碼頭（31路）－建康路（長白街）（步行三百餘米）