黑龍江中醫藥大學始建於1954年，初名黑龍江省中醫進修學校，後幾易其名，1959年定名為黑龍江中醫學院，1996年經國家教育部準予更名為黑龍江中醫藥大學。經半個多世紀的建設與發展，學校已成為具有較高教學、科研、醫療水准，在國內外有一定影響的高等中醫藥院校，現為黑龍江省重點建設的高水准大學。學校於2004年全國首批獲得教育部本科教學工作水準評估優秀結論，2007年全國首家通過教育部本科中醫學專業認證組織，2008年被確定為國家中醫臨床研究基地建設單位，2009年晋昇全國精神文明建設工作先進單位。
黑龍江中醫藥大學地處風光秀麗的北國名城哈爾濱市，校園環境優雅，綠樹成蔭，建築中西合璧，風格獨特，教學主樓和禮堂為典雅的歐式建築，屬國家二類保護建築；校園內21尊古代著名中醫藥學家雕像以及“經方小道”等，形成了獨具特色的中醫藥文化園――“大醫之路”。
黑龍江中醫藥大學下設9個學院、7個附屬醫院（5個非直屬）、1個研究院、16個教學醫院和69個實習醫院、實習基地。有17個學科具有博士學位授予權，28個學科具有碩士學位授予權。設有18個本科專業及13個專業方向，涵蓋醫、理、文、工、管、法等多個學科門類。現有全日制在校生13758人，其中博士研究生217人，碩士研究生1118人，七年制學生1155人，大學生7729人，專科生3554人，留學生392人。
黑龍江中醫藥大學設有中醫學、中藥學、中西醫結合3個博士後科研流動站，是國家首批第二類特色專業（中醫學）建設點和國家第一類特色專業（中藥學、藥物製劑和針灸推拿學）建設點，是國家首批中藥類人才培養模式創新實驗區。有國家級重點學科4個（其中國家重點培育學科1個）、國家中醫藥管理局重點學科4個、省級重點學科18個；有國家級精品課程7門，省級精品課程18門，校級精品課程52門。學校為國務院學位委員會準予的臨床醫學博士、碩士專業學位教育試點院校，國家藥品臨床研究基地，“長江學者獎勵計畫”設定特聘教授崗位的高等院校之一。學校教學實驗中心首批確定為國家級實驗教學示範中心。“十五”以來，獲國家教學成果一等獎1項、二等獎4項、省級教學成果獎19項。學校獲全國首屆優秀高等教育研究機構。
黑龍江中醫藥大學現有省部共建教育部重點實驗室1個，國家中醫藥管理局重點研究室3個，國家中醫藥管理局三級實驗室4個，省重點實驗室3個，省普通高等學校重點實驗室4個，黑龍江工程技術中心1個，黑龍江中醫藥國際科技合作基地1個。“十五”以來，獲得各級各類科研課題立項1164項，其中國家“973”項目3項、“863”項目1項；獲得各級各類獎勵358項，其中國家科技進步二等獎6項、中華中醫藥科技進步一等獎1項、黑龍江省科技進步一等獎4項。在中藥血清藥物化學研究、中藥天然藥物藥效物質基礎研究方面處於國際先進水準，在方劑配伍規律、針灸作用機理研究和中醫藥治療內科、婦科、腎病等重大疾病的臨床研究方面處於國內領先水准。2008年，學校培養的博士撰寫的論文獲得教育部、國務院學位委員會“全國優秀博士學位論文”，成為全國第三個獲此殊榮的中醫藥大學。
黑龍江中醫藥大學附屬第一醫院（臨床醫學院）為國家中醫臨床研究基地建設單位、國家三級甲等醫院、全國示範中醫醫院。學校附屬第二醫院（針灸推拿學院）是以針灸推拿康復為特色的三級甲等醫院，為全國首批現代化中醫院建設單位。兩附院有國家級醫療中心和重點專科5個、省級醫療中心和重點專科6個。
黑龍江中醫藥大學現有教職工2449人（校本部1093人）。其中教授、副教授及相應職稱人員685名，博士研究生導師86人，碩士研究生導師221人，有38比特專家享受政府特殊津貼，衛生部有突出貢獻中青年專家3名，百千萬人才工程國家級人選4人，國家級教學名師2名，全國先進工作者1名，巾幗建功榜樣1名，全國優秀教師6名。現有長江學者講座教授1人，龍江學者特聘教授5人。中藥化學教學團隊、方劑學教學團隊、中醫內科學教學團隊被評為省級教學團隊，中藥化學教學團隊被確定為國家級教學團隊。
黑龍江中醫藥大學創辦了省內唯一一家藥物安全性評價中心，建立了黑龍江省中藥材GAP研究中心；組建的“省醫藥工業校企合作專業委員會”，與多家企業合作，分別成立了黑龍江中醫藥大學久久藥業和“黑龍江明嘉北藥萃取技術開發有限公司”等校企聯合的科技實業；建成了占地100萬平方米的黑龍江中醫藥大學清河中藥材種子種苗繁育基地，並在黑龍江省14個市、縣建成中藥材GAP示範基地。
黑龍江中醫藥大學具有接收外國留學生和港澳臺學生學歷教育資格，是教育部首批準予招收來華留學生院校之一，已同世界上30多個國家和地區的近40所醫學院校或研究機構開展了教育、醫療、科技合作與交流，現時學校長期國際合作專案41項，培養外國留學生及港澳臺學生4967人，接受國外來訪學者500多人。多次承辦大型國際學術會議，舉辦了五届“中俄藥學論壇”。與英國倫敦南岸大學、哈爾濱師範大學聯合在英國創辦了世界首家中醫孔子學院，已正式在歐洲招生。
黑龍江中醫藥大學教學科研設備總值近億元，有電子顯微鏡（透射）、雷射共聚焦掃描儀等一批大型精密儀器設備。學校圖書館藏書91萬册，實現文獻採集、借閱及檢索自動化、網路化。中醫藥文獻檢索中心被確定為中國中醫藥文獻檢索分中心，實現了文獻檢索國際化。學校編輯出版的《中醫藥學報》、《中醫藥信息》、《針灸臨床雜志》均為中國自然科學Ⅰ類期刊，均被收錄為中國科技核心期刊。
黑龍江中醫藥大學不斷強化學生創新能力和實踐能力的培養。大學生社會實踐活動連續十幾年受到中宣部、教育部、團中央聯合表彰。建校以來，為國家培養近三萬名中醫藥人才，大批畢業生已經成為國內外各級各類醫療機構、科研院所、醫藥院校、政府機構和著名企事業單位的中堅骨幹。
黑龍江中醫藥大學正在黨的十七大精神指引下，以科學發展觀統領學校全域，繼續解放思想，深化改革，科學發展、和諧發展、率先發展，為建設國內一流、國際上有一定影響的高水准中醫藥大學而努力奮鬥！