獲得性免疫缺陷綜合征（愛滋病，AIDS）或人體免疫缺陷病毒（HIV）感染時，T淋巴細胞受損（抑制型TS細胞增多，輔助型TH細胞减少、功能不足），容易繼發感染。
有些國家和地區以卡氏肺孢子蟲（Pneumocystis，PC）和巨細胞病毒感染為多見，其次為非典型分支杆菌感染；而在开发中国家，則以肺結核（見肺結核節）最為常見。本段主要闡述PC所引起的肺炎。
肺孢子蟲肺炎（Pneumocystiscariniipneumonia，PCP）是由肺孢子蟲（PC）所引起，原蟲寄生在肺泡內，成蟲粘附於肺泡上皮，當宿主免疫缺陷時，便引起肺炎。其他伴有免疫缺陷的疾病，如白血病、淋巴瘤、惡性腫瘤、器官移植或使用抗癌化療藥、腎上腺皮質激素等免疫抑制劑者，亦可繼發PCP。
病理檢查顯示肺泡間隔細胞浸潤（乳幼兒以漿細胞為主，兒童及成人患者以淋巴細胞為主，亦可見巨噬細胞或嗜酸粒細胞），致使肺泡間隔增厚，肺泡上皮增生，導致肺泡-毛細血管阻滯，肺泡腔擴大，充滿泡沫樣蜂窩狀物質，內含蟲體及其崩解物、脫落上皮細胞等。在病灶內孢子蟲常與巨細胞病毒、真菌、分支杆菌、弓形體等並存。
AIDS病人在肺臟受侵前數周或數月，即有全身性非特异性症狀，如發熱、乏力、納差、消瘦等。PCP起病緩漸，呼吸道症狀表現為乾咳，呼吸急促，呈進行性加重，有鼻翼動、脈速、紫紺等，視網膜可有棉絮狀斑點，肺底部可聞及幹濕音。部分患者口腔有念珠菌感染和皰疹病毒所引起的肛周潰瘍。起病一周後，X線胸片顯示雙肺間質彌漫性條索狀、斑點顆粒狀陰影，自肺門向外周擴散，後來融合成結節雲霧狀。肺尖和肺底較少累及。肺門淋巴結可因合併真菌或隱球菌感染而增大。肺內可有薄壁空洞，伴發氣胸或胸腔積液。這些肺部X線徵象並無特异性，少數患者肺部X線正常。
周圍血白細胞計數正常或稍增高。嗜酸粒細胞可增多。肺功能檢查CO彌散量、潮氣量和肺總量下降。血氣分析常有低氧血症，PaCO2正常或稍低。若未治療，多死於呼吸衰竭。
本病診斷主要靠檢出病原體。呼吸道分泌物塗片檢出率甚低，可超聲霧化導痰檢查。纖支鏡灌洗液沉澱病原體檢出率約60%-80%，支氣管肺泡灌洗液或經纖支鏡活檢標本陽性率可達90%。必要時，經皮肺穿刺或胸肺活檢以明確診斷。標本可用Giemsa、快速焦油紫等法染色。血清抗原、抗體檢查臨床使用價值不大，而支氣管肺泡灌洗液、肺組織活檢標本、切片或印片以單克隆抗躰檢測可以提高檢出敏感性，但價昂且特异性不够高。利用尅隆化的PC的DNA片段作診斷性探針檢測，則有較高特异笥和敏感性。已確診HIV感染或AIDS病人伴有前述臨床、X線及實驗室資料，可以作出診斷。
迄今AIDS尚無特效治療，其肺部感染的治療與一般機會感染相同，包括支持療法，如吸氧，糾正水及電解質平衡紊亂，輸血等。治療PCP首選噴他脒（pentamidine）4mg/kg・d，肌注或靜滴，療程2周。注射局部可有硬結或血腫，若用大劑量可引起腎、胰腺損害，蕁麻疹等。靜滴該藥副反應有血壓下降、出汗、呼吸急促、心悸、胸悶、眩暈、噁心、嘔吐。PCP還可用複方新諾明（SMZ100mg/kg，TMP20mg/kg）分2次靜脈滴注。SMZ-TMP副反應有白細胞减少、發熱、皮疹和肝毒性。此外，還可用氯林可黴素（首劑0。6g靜滴，繼以0。3-0。45g，每日4次口服）。