陰莖癌常起始於陰莖頭，包皮內板，由於在包皮內生長，早期不易發現。病變呈乳頭狀或扁平突起，潰瘍周邊隆起，分泌惡臭液體，並可穿破包皮露出癌腫。陰莖癌很少在陰莖體或尿道口發生，可能因與包皮垢接觸較少有關，常見於冠狀溝附近，可見該處包皮垢刺激最多。陰莖癌極少侵犯尿道海綿體和膀胱。一般腫瘤若大於15cm，則常有轉移。扁平的腫瘤比乳頭狀的更易發生淋巴結轉移。腫瘤穿破白膜即可侵入海綿體，但不常見，多數在淋巴結轉移以後發生。陰莖癌90%以上為鱗癌。大多數腫瘤為低級，生存率與細胞級關係不大。但未分化癌預後不良。
手術切除病變是主要治療方法，如病變局限在包皮，可作包皮環切術，有統計復發率可達半數左右。腫瘤侵犯陰莖頭，亦可作陰莖部分切除術，一般距腫瘤2釐米處切除即足，在切除時斷端冰凍檢查無腫瘤。由於陰莖癌擴散常為栓子轉移不是一般腫瘤常有的淋巴管潜入周圍組織，所以絕大多數距腫瘤2cm局部切除後無局部復發。若無腹股溝淋巴結轉移，則術後70%～80%生存5年。如腫瘤較大，殘餘陰莖懸垂部極短不可能站立排尿，則行陰莖全切術尿道陰部造口術。近年報告應用Nd:RAG鐳射治療陰莖癌效果較好。
關於腹股溝淋巴結清除術的適應症已爭論多年。陰莖癌臨床上未觸及腹股溝腫大者，發生淋巴結微病灶轉移者占3%～6%，但亦有報告假陰性可達38%，陰莖癌轉移者占20%～50%，現時不主張常規腹股溝淋巴結清除術，因為半數以上病人可能不存在轉移病灶，而清除手術所引起的皮膚壞死、感染、肺栓塞以及後期的下肢淋巴水腫相當常見，給患者帶來不必要的痛苦。如果臨床上有可疑的轉移灶（即淋巴結增大者，可以取活檢，必要時行連續切片檢查，有轉移者行淋巴清除術。一般不主張常規兩側同時行淋巴結清除術。位於大隱靜脈和股靜脈連接處內側的淋巴結稱“前哨結”，如果轉移應行腹股溝深、淺淋巴結清除術，切除髂、腹股溝淋巴結。