早期賁門癌病人缺乏明確的特徵性症狀。上腹部不適、輕度食後飽脹、消化不良、心窩部隱痛等症狀，都易與消化性潰瘍症狀相混淆，引不起病人的重視，吃些胃藥應付一下。一直到吞咽困難加重始促使病人就醫。賁門癌另一始發症狀是上消化道出血，表現為嘔血或是柏油便。根據出血的嚴重程度或伴隨虛脫休克，或表現重度貧血。此種情況的發生率約占病人的5%。由於缺乏梗噎症狀，此種病人易被誤診為消化性潰瘍出血，由腹部外科醫師手術，術中方始確診。也正是因為多數系急診手術，各方面準備不够充分，這類病人手術併發症發生率和死亡率都較高，療效不良。晚期病例除了吞咽困難，還可出現上腹和腰背的持續隱痛，表明癌瘤已累及胰腺等腹膜後組織，是為手術的禁忌證。
早期賁門癌病人並無陽性體征，中晚期病人可見貧血、低血漿蛋白、消瘦甚至脫水。如果腹部出現包塊、肝大、腹水征、盆腔腫物（肛門指診），都系不適於手術的象徵。