賁門癌診斷在臨床上主要有X線鋇餐造影檢查，內腔鏡檢查，B超檢查，CT檢查等幾種常用的診斷方法，其中X線鋇餐造影檢查是賁門癌重要診斷方法。
賁門癌的診斷一、X線鋇餐造影檢查：X線鋇餐造影檢查是賁門癌重要診斷方法。早期表現為細微的粘膜改變，可以發現潰瘍龕影以及不很明顯的充盈缺損。晚期賁門癌X線觀察非常明確，包括軟組織影、潰瘍、充盈缺損、粘膜破壞、龕影、下段食管受侵、賁門通道扭曲狹窄、以及胃底大小彎胃體都有浸潤胃壁發僵胃體積縮小。在早期X線鋇餐造影檢查中必須進行纖維胃鏡檢查合併塗刷細胞學及活檢病理才能很好確診。
二、內腔鏡檢查：纖維食管鏡或胃鏡均可以作為診斷賁門癌的重要的檢查方法。可以瞭解病灶發生的部位、長度、食管狹窄程度等的診斷。賁門癌沒有明確確診時應在短期內做內腔鏡複查。
三、B超檢查：賁門部B超檢查可以發現賁門癌的位置、形態、大小、與周圍組織關係以及癌腫侵潤食管深度及附近淋巴結是否腫大能顯示清楚，有助於賁門癌和食管癌的早期診斷。
四、CT檢查：賁門癌的CT檢查能够瞭解賁門部與食管及周圍臟器的關係。腫瘤侵潤的情况、大小、部位、食管壁的增厚，上段食管擴張，淋巴結及遠處臟器轉移等情况。有利於賁門癌與食管癌的診斷和鑒別診斷。
五、細胞學檢查：細胞學檢查又稱拉網細胞學檢查。
賁門癌的細胞學檢查的陽性率低於食管癌。對具有反復使用鋇餐透視及纖維鏡檢查未能發現病灶或有可疑病灶而未能確診者，進行拉網細胞學檢查，能提高檢出率，拉網細胞學檢可為診斷提供很好的依據。