患者早期除偶有涕血或耳鳴外，常無其他症狀。中晚期，癌腫浸潤症狀和轉移症狀明顯，茲分述如下：
（一）鼻部、耳部、眼部、口腔症狀
原發癌的浸潤擴展，表面潰瘍感染，絕大多數患者（＞98%）都會出現上述部位的症狀，只是根據腫瘤的位置及大小决定臨床症候出現時間的遲早及順序：癌腫位於鼻咽頂部，首先出現涕中帶血，血涕多時可從口裡吐出，伴鼻塞等症；腫瘤位於咽隱窩等處，早期常有耳鳴、耳閉、聽力下降等症，易誤診為卡他性滲出性中耳炎或化膿性中耳炎；癌腫浸潤到眼部表現為單側突眼、複視、眼球活動障礙等；癌腫浸潤翼內肌，表現張口困難，舌下神經受累時，出現舌肌運動障礙，舌偏向健側。
（二）顱神經症狀
鼻咽癌向上浸潤和擴展，可累及顱神經引起相應的症狀，臨床上以Ⅴ、Ⅵ顱神經最先受累，隨著腫瘤擴展，Ⅲ、Ⅳ及Ⅸ、Ⅹ也受損，而Ⅰ、Ⅱ位於顱前，Ⅶ、Ⅷ位於顳骨岩部，其受侵犯的可能性較小。以上顱神經受累，表現出其功能喪失。而頭痛常是癌瘤向顱內擴展的訊號。頭痛為持續性固定的劇烈偏頭痛，部位多在三叉神經感覺分佈區域，性質可為脹痛、悶痛或紮緊性痛。
（三）頸部體征
主要指頸部淋巴結轉移所致的腫塊。臨床上可以頸部無痛性包塊為首發症狀，甚至是惟一症狀。腫塊初發於一側，增大迅速，繼之累及頸部對側。
（四）遠處轉移症狀
鼻咽癌轉移最常見部位是骨、肺、肝。骨轉移以骨盆、脊柱、四肢骨常見。臨床觀察發現，隨著頸淋巴結腫大，遠處轉移機會亦明顯增加，遠處轉移率為4.8%~27%，屍檢則發現高達76%。骨轉移多表現為骨部疼痛等，肺轉移表現呼吸困難、咯血等，肝轉移為肝區疼痛、黃疸等。
（五）體檢
間接鼻咽鏡或纖維鼻咽鏡檢查：鼻咽癌好發於咽隱窩入鼻咽頂後壁。早期局部粘膜粗糙不平，血管擴張，並有小結及肉芽樣腫物。腫瘤逐漸發展呈菜花型、結節型、潰瘍型或粘膜下型等。
頸部觸診：鼻咽癌的早期轉移點是頸深淋巴結最上群，其部位是同側胸鎖乳突肌前緣上部，大小不一，可數個連在一起，質硬，不平呈結節狀，與皮膚無粘連，但在晚期常與深層組織粘連而不易活動。