遺傳因素：鼻咽癌主要見於黃種人。我國南方（廣東、廣西、湖南、福建）等省和東南亞一些國家是全世界鼻咽癌發病率最高的地區。廣東省又以廣州、佛山、肇慶等地區的發病率最高，每10萬男性中就有18～27個人患此病，而女性占8～9個人。高發區的人即使遷居遠地，如到了東北，其後裔仍保持有很高發病的傾向，這說明了鼻咽癌的發生有明顯的種族敏感性。此外，不論在高發區還是在低發區中，都可以發現有家族聚集性的傾向。例如普查中就發現有這樣典型的例子，一家三代49人中，有10人患癌症，其中9人是鼻咽癌。可以認為，遺傳因素在鼻咽癌的病因方面起重要作用。
病毒因素：1964年，有人從非洲兒童惡性淋巴瘤培養成功的一株瘤細胞中，在電子顯微鏡下觀察，發現大量皰疹病毒顆粒，並命名為EB病毒，後來的研究表明，此病毒與鼻咽癌有密切關係。例如，鼻咽癌病人的血清中有對EB病毒各種特异性抗原的抗體反應，而且抗體的量由早期到晚期的發展過程在不斷增多；EB病毒大量存在於鼻咽癌活檢組織中；EB病毒不但能使人體組織，而且能使接近於人類的靈長類動物的組織發生惡性改變，有明顯的致腫瘤作用，等等。根據這些實驗結果，有人甚至認為EB病毒可能就是鼻咽癌的病因。
環境致癌因素：許多調查報告和實驗結果表明，鼻咽癌的發生與高發區居民的生活環境有關，與衣、食、住、行中接觸的一些致癌物質有關。例如，高發區的居民不少自幼喜食鹹魚，鹹魚中含有較多的亞硝胺化合物；病人家庭的煙塵中含有大量芳香族多環烴；此外，高發地區的空氣、水源、食物以至於病人的頭髮中均含有較多的微量元素鎳等等，這些物質都被認為具有致癌作用。關於鼻咽癌與環境致癌因素的關係，還有一些不同的看法。
總之，鼻咽癌發生的秘密，還有待於人們進一步探討。