鼻咽癌的好發部位在鼻咽癌側壁,尤其是咽隱窩,其次是頂壁,鼻咽癌惡性程度高、呈浸潤性生長,可直向周圍及全部近組織浸潤、擴散。向上可以破壞顱底界質侵入顱內,累及顱神經;向前侵犯鼻腔上頜竇,前組篩竇;向後浸潤頸椎前軟組織及頸椎;向下可累及口咽、喉咽。
鼻腔粘膜下有豐富的淋巴管網,且淋巴引流可跨越中段,到對側頸部,鼻咽癌的頸淋巴結轉移發生早,轉移率高,遠處轉移與頸淋巴結轉移密切相關,隨著頸淋巴結的腫大,數目的增多,遠處轉移的機會明顯亦新增。遠處轉移最常見的部位是骨,其次是肺、肝、且常為多個器官同時發生轉移。