（一）急性菌痢的治療
1.一般療法和對症療法：病人應予胃腸道隔離（至症狀消失，大便培養連續二次陰性為止）和臥床休息。飲食一般以流質或半流質為宜，忌食多渣多油或有刺激性的食物。恢復期中可按具體情況逐漸恢復正常飲食。有失水現象者可給予口服補液鹽。如有嘔吐等而不能由口攝入時，則可給予生理鹽水或5%葡萄糖鹽水靜脈滴注，注射量視失水程度而定，以保持水和電解質平衡。有酸中毒者，酌情給予鹼性液體。對痙攣性腹痛可給予阿托品及腹部熱敷，忌用顯著抑制腸蠕動的藥物，以免延長病程和排菌時間。這類藥物雖可減輕腸痙攣和緩解腹瀉，在一定程度上可减少腸壁分泌。但實際上腹瀉是機體防禦功能的一種表現，且可排隊一定數量的致病菌和腸毒素，囙此不宜長期使用解痙劑或抑制腸蠕動的藥物。特別對伴高熱、毒血症或粘液膿血便患者，應避免使用，以免加重病情。嬰幼兒也不宜使用此類藥物。能够作用和影響腸道動力的藥物有阿托品、顛茄合劑、度冷丁、可待因、嗎啡、樟腦酊、苯乙呱啶和鹽酸氯苯呱醯胺等。
2.病原治療：近年來痢疾杆菌的耐藥菌株，尤其是多重耐藥菌株漸見增多，糞便培養檢得致病菌時需作藥敏試驗，以指導合理用藥。
⑴磺胺類藥：磺胺藥對痢疾杆菌有抗菌活性，但如與甲氧苄氨嘧啶（TMP）合用，則有協同效果。如複方磺胺甲f唑（SMZ-TMP）片劑，每天2次，每次2片，兒童酌减，療程一周。有嚴重肝病、腎病、磺胺過敏及白細胞減少症者忌用。近年來耐藥菌已見增多，如療效差或無效時，即應改用其他抗菌藥物。
⑵喹諾酮類：該類藥物作用於細菌DNA促旋酶，具殺菌作用，無毒副作用，已成為成人菌痢的首選藥。由於該類藥可影響兒童骨骼發育，學齡前兒童忌用。成人用法如下：吡呱酸每日2g，分3次口服，療程5～7天；諾氟沙星每日600～800mg，分2～3次口服，療程同上；依諾沙星、氧氟沙星和環丙沙星每日皆為600mg，分2次口服，療程3～5天。
⑶抗生素：儘量口服給藥。氯黴素、四環素族等抗痢疾杆菌活性差，耐藥菌株日趨增多，因而在廣泛應用抗生素的某些大城市中，不宜以氯黴素或四環素族作為急性菌痢首選藥物，但在農村地區仍可使用。痢特靈對本病仍有效，但嘔吐等副作用較大，部分人不能口服者，可改用慶大黴素或氨苄西林等抗生素。
慶大黴素的劑量為160～240mg/d，分2次肌注，小兒每日3～5mg/kg，分2次肌注；卡那黴素的劑量為1～1.5g/d，小兒為每日20～30mg/kg，分2次給藥；氨苄西林的劑量為2～6g/d，小兒為每日50～100mg/kg，分4次給藥。療程均為5～7天。必要時，可加用TMP0.1g，每日2次，以新增療效。近年來，耐慶大黴素和氨苄西林菌株新增，有人改用阿米卡星成人每日15mg/kg，兒童100mg/kg治療菌痢，取得較好療效，但多數作者認為，該藥不宜作為“一線藥物”，以免耐藥菌株新增。
⑷中藥：黃連素0.3～0.4g，每日4次；一見喜4g，每日4次。療程均為7天。
（二）中毒性菌痢的治療：本型來勢迅猛，應及時針對病情採取綜合性措施搶救。
1.抗菌治療採用慶大黴素或阿米卡星與氨苄西林靜脈注射，劑量、用法同急性期，中毒症狀好轉後，按一般急性菌痢治療或改用複方磺胺甲f唑（SMZ-TMP）或諾氟沙星口服，總療程7～10天。氟喹諾酮類靜脈針劑和頭孢呱酮也可使用。
2.高熱和驚厥的治療高熱易引起驚厥而加重腦缺氧和腦水腫，應用安乃近及物理降溫，無效或伴躁動不安、反復驚厥或驚跳者，可給予亞冬眠療法，以氯丙嗪與异丙嗪各1～2mg/kg肌注，必要時靜脈滴注，病情穩定後延長至2～6小時注射一次，一般5～7次即可撤除，儘快使體溫保持在37℃左右。冬眠靈具有安定中樞神經系統和降溫的作用，可降低組織耗氧量，抑制血管運動中樞，可使小動脈和小靜脈擴張，從而改善微循環和增進臟器的血流灌注。還可給地西泮（安定）、水合氯醛或巴比妥鈉。
3.迴圈衰竭的處理
⑴擴充血容量：因有效迴圈血量减少，應予補充血容量，可快速靜脈輸入低分子右旋糖酐或葡萄糖氯化鈉溶液，首劑10～20ml/kg，全日總液量50～100ml/kg，具體視患者病情及尿量而定。若有酸中毒，可給5%碳酸氫鈉滴入（詳見“感染性休克”章節）。
⑵血管活性藥物的應用：針對微血管痙攣應用血管擴張劑，採用山莨菪堿，成人劑量為10～20mg/次，兒童每次0.3～0.5mg/kg，或阿托品成人1～2mg/次，兒童每次0.03～0.05mg/kg，注射間隔和次數視病情輕重和症狀緩急而定，輕症每隔30～60分鐘肌注或靜脈注射一次；重症每隔10～20分鐘靜脈注射一次，待面色紅潤、迴圈呼吸好轉、四肢溫暖、血壓回升即可停藥，一般用3～6次即可奏效。如上述方法治療後周圍迴圈不見好轉，可考慮以多巴胺與阿拉明聯合應用。
⑶强心治療：有左心衰和肺水腫者，應給予西地蘭等治療。
⑷抗凝治療：有DIC者採用肝素抗凝療法，劑量及療程同感染性休克。
⑸腎上腺皮質激素的應用：氫化可的松每日5～10mg/kg靜脈滴注，可減輕中毒症狀、降低周圍血管阻力、加强心肌收縮、減輕腦水腫、保護細胞和改善代謝，成人200～500mg/日，一般用藥3～5天。
4.治療呼吸衰竭：應保持呼吸道通暢、給氧、脫水療法（如應用甘露醇或山梨醇）、嚴格控制入液量。必要時給予山梗菜堿、尼可刹米等肌注或靜注。重危病例應給予呼吸監護，氣管插管或應用人工呼吸器。
5.糾正水與電解質紊亂：應補充失液量及鉀、鈉離子，但需慎防用量過大速度過快而引起肺水腫、腦水腫。
（三）慢性菌痢的治療：需長期、系統治療。應盡可能地多次進行大便培養及細菌藥敏試驗，必要時進行乙狀結腸鏡檢查，作為選用藥物及衡量療效的參攷。
1.抗生素的應用：首先要抓緊致病菌的分離鑒定和藥敏檢測，致病菌不敏感或過去曾用的無效藥物暫不宜採用。大多主張聯合應用兩種不同類的抗菌藥物，劑量充足，療程須較長且需重複1～3療程。可供選用藥物同急性菌痢。
2.菌苗治療：應用自身菌苗或混合菌苗，隔日皮下注射一次，劑量自每日0.25ml開始，逐漸增至2.5ml，20天為一療程。菌苗注入後可引起全身性反應，並導致局部充血，促進局部血流，增强白細胞吞噬作用，也可使抗生素易於進入病變部位而發揮效能。此外，也可試以噬菌體治療。
3.局部灌腸療法：使較高濃度的藥物直接作用於病變部位，以增强殺菌作用，並刺激肉芽組織新生，一般作保留灌腸。常用的藥物為5%大蒜浸液100ml或0.5%～1%新黴素100～200ml，每日1次，10～15次為一療程。有人主張灌腸溶液中加入0.25%普魯卡因、氫化可的松25mg，或可提高療效。
4.腸道紊亂的處理：可酌情用鎮靜、解痙或收斂劑。長期抗生素治療後腸道紊亂，可給乳酶生或小劑量异丙嗪、複方苯乙呱啶或針刺足三裡。也可以0.25%普魯卡因液100～200ml保留灌腸，每晚1次，療程10～14天。
5.腸道菌群失調的處理：限制乳類和豆製品。大腸桿菌數量減少者可給乳糖和Vitc，腸球菌减少者可給葉酸。可服乳酶生（含厭氧乳杆菌）4～6g，或枯草杆菌片劑（每片含菌50億），或枯草杆菌溶液100～200ml（每ml含活菌3億）灌腸，每晚1次，療程2～3周，以促使厭氧菌生長，重新恢復腸道菌群平衡。培菲康和麗珠腸樂也可調整腸道菌群，前者成人3～5粒/次，後者2粒/次，皆每天2～3次。
慢性菌痢的治療效果尚欠滿意，如有顯著症狀而大便培養陽性，則需隔離治療。此外，應追查促使轉為慢性的誘因，例如是否有寄生蟲病、胃炎等加雜症，對有關伴發病進行適當的治療，鑒於慢性菌痢病程較長，其急性症狀常有自然緩解傾向，囙此，必須反復進行大便培養，才能判斷治療效果。