多發性硬化症是一種中樞神經系統的疾病，也就是說它的病變位於腦部或脊髓。我們的神經細胞有許多樹枝狀的神經纖維，這些纖維就像錯縱複雜的電線一般，在我們的中樞神經系統中組織成綿密複雜的網絡。大自然很巧妙的在我們神經纖維的外面包裹著一層叫「髓鞘」的物質，髓鞘不僅像電線的塑膠皮一樣讓不同的電線不致短路，同時人體的髓鞘還可以加速我們神經訊號的傳導。多發性硬化症的診斷直接關係著多發性硬化症的治療效果，如果診斷錯誤會耽誤多發性硬化症的治療時機，使多發性硬化症的病情加重。但是在進行診斷的時候需要和以下幾種疾病相鑒別。
多發性硬化症的鑒別：
1、播散性腦脊髓炎：是一種廣泛散在性病損的急性疾病具有自限性，多為單一病程。另外，該病常有發熱、木僵和昏迷，而這些特徵在多發性硬化症很少見。
2、系統性紅斑狼瘡和其他少見的自身免疫性疾病（混合性結締組織病，舍格倫綜合征硬皮征，原發性膽汁性肝硬化）在CNS白質可有多個病灶這些疾病的CNS損傷與潜在的免疫性疾病的活動性或諸如針對自身DNA或磷脂的自身抗體的水准相平行多先有或合併有其他系統性損害但也有脫髓鞘或大腦半球的病損先於其他系統器官的例子。5%～10%的多發性硬化症患者攜帶抗核或抗雙鏈DNA抗體而沒有狼瘡或其他系統損害的表現。
多發性硬化症患者親屬中各種自身免疫性疾病的患病率比預期率高。說明多發性硬化症與自身免疫性疾病之間有一種尚未證明的聯系紅斑性狼瘡在MRI上的病灶很像硬化斑，視神經和髓鞘都可受累，甚至可反復地連續發作，很像多發性硬化症但病理為小血管炎或栓死而致的社區域梗死性壞死而脫髓鞘炎性個別也可見炎性脫髓鞘性病灶而無血管性改變。
3、白塞病以再發性虹膜睫狀體炎、腦膜炎黏膜及生殖器潰瘍；關節腎肺部症狀以及大腦多發性病灶為鑒別特徵。
4、脊髓壓迫征單純的脊髓型多發性硬化症常伴有不同程度的後索受累進行性痙攣性輕截癱的單純脊髓型多發性硬化症的診斷特別困難。前面已經提到脊髓型多發性硬化症特別傾向於影響老年女性，這種情況應仔細排除因腫瘤或頸椎關節病變而致的脊髓壓迫征在病程某段時間出現根性疼痛常是脊髓壓迫征的表現在多發性硬化症則少見。頸部疼痛活動受限和因神經根受累引起的嚴重肌肉萎縮可見於脊椎關病變而多發性硬化症很少有以上症狀。作為一般規律，在脫髓鞘性脊髓病的早期可見腹部反射消失男性出現陽痿和膀胱功能障礙，而在頸椎關節增生的病例上述症狀則出現在晚期或者根本不出現。CSF蛋白含量在脊髓壓迫征可顯著升高但無其他多發性硬化症特异性蛋白的异常最有價值的鑒別方法是MRI和CT脊髓顯影術任何神經系統體征僅限於脊髓的進行性痙攣性輕截癱都應進行脊髓顯影。
5、顱底凹陷症和扁平顱底這種患者短頸放射檢查可確定診斷。因顱底骨發育畸形以及顱骨孔腦橋小腦角、斜坡和其他顱後窩腫瘤等引起的神經綜合征也可被誤診為多發性硬化症。在上述情况一個孤立而部位特別的病灶可引起腦幹、小腦後組腦神經和上頸髓的神經症狀和體征而易被認為是一播散性病損如患者所有的症狀和體征可以用神經軸某一區域的一個病灶解釋，就不應診斷多發性硬化症，是臨床應遵循的規則。
6、遺傳性共濟失調偶爾多發性硬化症可與遺傳性共濟失調相混淆。後者常有家族史及其相關的遺傳特性，呈隱匿性發病慢性持續進展，具有對稱性和特异臨床管道腹壁反射和括約肌功能完好弓型足脊柱後側凸、心臟病是支持遺傳性疾病的一些常見特徵。
如前所述，誘發電位CSF中寡尅隆帶和MRI的普遍應用擴大了多發性硬化症的診斷標準。這些檢查常能發現臨床檢查無法察覺的多發性硬化斑的存在。診斷多發性硬化症要有“時間和空間的多發性”證據的要求，經歷了時間的考驗，至今仍然有效。但不同的是這些證據不再僅指純臨床發現也包括某些實驗室發現應指出的是沒有一項實驗室檢查可以單獨視為多發性硬化症可信的名額。