根據疼痛發作的特點和部位，不難作出本病的臨床診斷。有疑問時可用4%古柯鹼塗布咽部，如疼痛緩解，對本病確診則有意義。據統計，古柯鹼試驗的正確率為89.6%。結果陰性者，如臨床症狀典型，不能除外本病的診斷。
原發性舌咽神經痛需與一下疼痛進行鑒別：
1.三叉神經痛：三叉神經第Ⅲ支痛易與舌咽神經痛混淆。但三叉神經痛時，疼痛部位在舌前部而非舌根，通常累及下頜神經的分佈區，不向外耳道放射，疼痛觸發點在下唇、頰部或舌尖等處。必要時可做古柯鹼試驗或用普魯卡因局部封閉三叉神經第Ⅲ支，以資鑒別。
2.喉上神經痛：喉上神經乃迷走神經的分支。該神經疼痛可單獨存在，也可與舌咽神經痛伴發。疼痛發作常起自一側的喉部，該處常有顯著壓痛，如在該區行局麻，往往疼痛暫獲緩解，可以鑒別。
3.中間神經痛：為一側耳部劇痛，發作時間較長，常伴外耳道或耳廓皰疹，有時可引起周圍性面癱。各別不典型者僅表現為耳痛，與單純表現為耳痛的舌咽神經痛不易區別。
4.繼發性舌咽神經痛：疼痛常為持續性，有陣發性加重，無觸發點。檢查中可見患側有某種舌咽神經功能障礙（如舌咽部感覺和舌後部味覺减退、咽反射遲鈍、軟鄂運動無力等）或其他陽性神經體征，以及有局部病變發現（如鼻咽部腫瘤），必要時可作特殊輔助檢查，如CT腦掃描、攝顱底或顱骨片等。