現時治療舌咽神經痛的最有效方法應為微血管減壓術及舌咽神經根切斷術。舌咽神經痛發生率較低。經我們手術治療的37例舌咽神經痛，隨訪沒有復發，也沒有一例出現嚴重併發症。
1.舌咽神經根顯微血管減壓術：在手術顯微鏡下，可看到椎動脈或小腦後下動脈跨越並壓迫舌咽及迷走神經根絲，將血管分離開，在血管與神經之間墊入滌綸棉將二者隔開。與切斷術相比，該手術術中心血管反應較多，手術操作時應予以注意。
2.顱內舌咽神經根切斷術：自顱後窩入路，在橋小腦角下方顯露舌咽神經和迷走神經根絲，切斷舌咽神經根絲的同時，進一步切斷迷走神經上部的1~2根絲，這有助於提高手術效果。據統計，術後立即止痛者達90%，術後復發率不高，極少數術後復發者可行第二次手術。舌咽神經切斷後有同側1/3味覺喪失，軟齶、扁桃體區及舌根部麻木，輕度軟齶下垂，短暫性吞咽困難，給病人造成的痛苦不大。
3.經皮穿刺舌咽神經射頻熱凝術：原理是應用定向穿刺和射頻熱凝科技破壞位於頸靜脈孔處的舌咽神經和迷走神經。在患側口角外2.5釐米處進針，進針過程中用攝顱骨側比特片及顱底片的方法，引導電極針進入頸靜脈孔，繼用0.1~0.3V的脈衝電流刺激以精確定位，待病人在刺激後出現咽痛、耳痛、咳嗽等，說明已命中神經，接通射頻電流，逐漸加溫熱凝，破壞神經。本手術在熱凝破壞神經中感覺纖維的同時，不可避免地會破壞運動纖維，術後會引起聲帶麻痹，故本術不適合於原發性舌咽神經痛，僅適用於已造成聲帶麻痹的頭頸部惡性腫瘤所引起的繼發性舌咽神經痛患者。
預防
預防舌咽神經痛應注意要改變不良的生活習慣例如：生活不規律吸烟喝酒偏食吃特別刺激過度油膩的食物等有一些藥物和食品可以起到一定的預防效果比如說基因食品預防現時在國外比較盛行基本趨於成熟。
“定時查體很重要每年從查體中心得到的資訊回饋表明腫瘤發現率達1%～5%也就是說在100個接受查體的人中可能有1人到5人有腫瘤的症狀體征”許多人藉口工作忙不重視查體實際上腫瘤早期往往症狀不明顯很容易被忽視一旦發現已經到了中晚期錯過了治療的最佳時機此外還需要提供良好的查體環境提高基層部分人員的專業水准真正使腫瘤早發現早治療。