（一）髒氣不平，上逆犯腦，神明被擾，元神失控腦為至清至純之腑，構真氣之所聚，所聚之真氣，升降出入，無器不有，依賴經絡調節五臟六腑，四肢百骸，保持人體內外協調，主宰人體的生命活動。氣的升降出入正常，是人體健康的基礎，相反機體之氣升降出入异常則人體就會罹患疾病。氣機逆亂的部位不同，所表現的證候迥異。《素問・大奇論》曰：“心脈滿大，癇瘛筋攣，肝脈小急，癇瘛筋攣”，“二陰急為癇厥。”《靈樞・邪氣藏病形》曰：“肺脈急甚為癲疾……脾脈急甚為瘛瘋。”至唐宋，許多醫家在臨床實踐的基礎上，進一步認識到臟腑經絡失調是發生癇病的物質基
礎，《三因極一病證方論》強調：“夫癲癇病……但一髒不平，諸經皆閉，隨其髒氣，證候殊分”，《古今圖書集成・醫部全錄・小兒驚癇門》中說：“癲疾者，逆氣之所生也，故因氣上逆而發為癲疾。”總之，癲癇發作期的病機主要是髒氣不平，氣機逆亂，是氣的“升降出入”功能失調，逆上犯腦所致。
（二）內風是引動氣血逆亂犯腦之根
內風與氣、血、痰、火密切相關，風勝則動。風者善行而數變，風者，氣之生，也可以說是氣機運行形式的异常表現，氣的形成始於腎，釋放於肝，升降於脾，宣散於肺，貫行於心，散佈於經絡，內而三焦，外達四肢百骸，以供人體正常生理之用。由於氣機不暢，肝失疏泄，肝陽內鬱，陽盛必動風，陽多則火氣盛，火性炎上，上犯於腦，擾亂神明而發癇；陽少則氣虛，氣帥血行，氣不足則血絡不暢可致血瘀、痰濁內生，阻塞清竅，並隨風火湧動而致癇。張三錫《醫學准繩六要・癲癇總論》曰：“大抵癲癇之發，由腎中陰火上逆，而肝從之，故作搐搦，搐搦則偏身之脂液促迫，而氣上逆，吐出於口也，然腎間動氣，乃生氣之原，腎傷則志不足，故神躁擾，火逆上，攻動其
痰而厥也。或經脈引入外邪，內傷深入，傷其生氣之原，邪正混亂，天樞不發，衛氣固留於陰而不行，不行則陰氣蓄滿，鬱極乃發，發則命門之相火自下逆上，填塞其竅，惟迫出其如羊鳴者一二聲而已，偏身之脂液，脾之涎津，皆迫而上胸臆，流出於口，五臟六腑十二經脈皆不勝其沖逆，故卒倒而不知人也，食頃，火氣退散乃醒”。張璐《張氏醫通・癇）也認為“癰證之發，由腎中龍火上升，肝家雷火相以協助也”，強調肝腎虧虛，相火妄動的病機特點。另有沈金鼇《雜病源流犀燭）雲：“諸癇，腎經病也……諸癰之源，雖根於腎，而諸癇之發，實應五臟’，又主張腎為癇病之根源。林佩琴（類證發裁・癇症論治）雲：“癰證，肝、膽、心、腎病，而旁及陰陽維、蹺、督經俱動也”，主張腎為癇病之根，又與五臟失調密切相關，並可涉及諸多臟腑經絡失調而癇發。
（三）脾胃功能失司是為病機關鍵
脾胃位於中焦，為後天之本，氣血生化之源，脾主升清，胃主降濁，一昇一降協調作用，調節人體正常的氣機功能。《素問・經脈別論》道：“飲人於胃，遊溢精氣，上輸於脾，脾氣散精，上歸於肺……”是說通過脾的昇清，營養物質得以輸布全身，營血等精微物質又是精神活動的物質基礎。《靈樞・平人絕穀）說：“故神者，水穀之精氣也。”脾胃功能失調，即可影響營養物質的化生，使後天乏源，神・無所主，又可使氣機升降失常而影響其他臟腑功能，並導致代謝障礙，產生水飲痰濁等物質，阻塞經絡及清竅而發神志疾患。《素問・熱論》言：“陽明與太陽俱病，則腹滿，身熱不欲食，譫言。”《素問・厥論》曰：“陽明之厥，則癲疾欲走呼，腹滿不得臥，面赤而熱，妄見而妄言”。《素問・診要經終論}曰：“陽明終者，口目動作，善驚，妄言，色黃，其上下經盛，不仁”均說明了脾胃功能失職，導致一系列神志疾病，包括癲癇。
（四）痰瘀阻滯是癲癇發病的內在因素
在《內經》中有多處因痰致癇的記載，《傷寒論）有“水氣”病的描述，如“情呆體僵、頭痛癲眩。”隋唐至今認為痰濁是致癇的主要病因病機之一，《丹溪心法・癇》雲：“癇證有五……無非痰涎壅塞，迷蒙孔竅。”《古今醫鑒・五癇）則言癇病“皆是痰迷心竅。”
脾失運化則痰濁內生，<壽世保元・癇證）認為“脾虛則生痰。”七情失調，氣鬱化火，火邪煉液成痰；肝腎陰虛，陽升火灼，煉液為痰；或由外感及內熱熾盛，火動生風煎熬津液，結而成痰，頑痰膠結阻滯脈絡，腦竅經脈瘀滯，腦絡氣血運行不暢，久則痰瘀互結，每遇誘因則癇證作矣。
總而言之，七情失調、先天稟賦不足、腦部外傷、飲食不節傷及脾胃、勞累過度損傷肝腎，或身患他病是癇病的主要病因；痰瘀濁邪蒙蔽腦竅，竄走經絡則是癲癇發作的直接的內在物質基礎。本病機理可概括為臟腑機能失調，陰陽升降失職，氣機逆亂，以致風火痰瘀交阻，腦竅元神失控。本病與心、肝、脾、胃、腎關係密切，如肝腎陰虛，陰不制陽，陽旺化火，熱極生風，肝風內動，肝主筋，故出現肢體抽搐，角弓反張；若脾虛不能運化，清氣不昇，濁氣不降，津液水濕積聚成痰，痰迷腦竅，並與瘀結，擾動腦神，則出現神不守舍，意識喪失。髒氣不平，氣血逆亂犯腦是癇病發作的主要病機特點，內風是引動氣血逆亂犯腦之領帥與動力，脾胃運化失司，痰瘀之邪阻滯則是癇證發病的根基。