手術治療重症肌無力就是胸腺或胸腺瘤的切除，此療法只適應於有胸腺增生或有胸腺瘤的患者。該療法被認為是西醫治療重證肌無力的主要手段，但並不是全部做了手術的患者都有效。
手術治療重症肌無力患者注意事項
1、重症肌無力危象病人不宜手術治療，應先藥物治療，待症狀控制後再手術可以减少術後危象的發生。若藥物治療效果不佳，病情無法穩定而在危象期手術者僅有少數病例報導。
2、在30～40歲之間的女性患者，病程短、病情輕、伴胸腺增生者的全身型重症肌無力患者適用於手術治療。
3、單純眼肌型重症肌無力患者適用於手術治療。
4、凡胸腺瘤病例或雖非胸腺瘤，但病情進展迅速，抗膽鹼酯酶藥物治療效果不明顯者，不管抗AchR抗體是否增高，均可作胸腺切除。
5、手術後還需要繼續內科治療以鞏固療效。