流行病學調查提示鼻咽癌的病因可能與EB病毒感染、環境、飲食和遺傳等因素有關。
1.EB病毒感染
EB病毒感染的細胞可產生多種EB病毒特异性抗原，包括早期抗原（EA）、殼抗原（VCA）、膜抗原（MA）和核抗原（NA）等。人體感染了EB病毒後會產生相應的各種抗體。鼻咽癌病人EB病毒EA-IgA和VCA-IgA抗體陽性率分別為96%和81.5%，表明這兩種抗體可以作為鼻咽癌的血清學診斷標記，但正常人的EA-IgA抗體陽性率較高，在診斷鼻咽癌時不如VCA-IgA特异。進一步研究表明，檢測血清中EA-IgA抗體比VCA-IgA抗體更為特异，但不如VCA-IgA敏感。VCA-IgA抗體陽性者有鼻咽癌發生的高度危險性。
2.環境與飲食
環境因素也是誘發鼻咽癌的一種原因。據報導，美籍華人中，在美國誕生的第2代比在亞洲誕生的第1代患鼻咽癌的危險性低，而誕生在東南亞的加利福尼亞的白種人比誕生在美國者患鼻咽癌的危險性高。在廣東，調查發現鼻咽癌高發區的大米和水中的微量元素鎳含量較低發區為高。在鼻咽癌患者的頭髮中，鎳含量亦高。鎳可能是促癌因素。二亞硝基派嗪（DNP）與鼻咽癌的發生有關。食用鹹魚及醃制食物是中國南方鼻咽癌高危因素，且與食鹹魚的年齡、食用的期限、頻度及烹調方法有關。這與鹹魚及醃製品中高濃度的亞硝胺化合物有關。
3.遺傳因素
鼻咽癌病人有種族及家族聚集現象，鼻咽癌可能是遺傳性疾病。最近發現决定HLA的某些遺傳因數和鼻咽癌間的相關性。有報導鼻咽癌高發家族外周血淋巴細胞染色體畸變與鼻咽癌遺傳易感性有一定關係。