鼻咽癌發生部位隱蔽，又與眼、耳、鼻、咽喉、顱底骨和腦神經等重要器官相鄰，具有易於在粘膜下向鄰近器官直接浸潤或淋巴結轉移的生物學行為，所以症狀多變或不明顯，常被病人或醫師所疏忽。許多病人常先到內科、外科、神經科、眼科求醫，幾經周折才到耳鼻喉科或放療科診斷和治療。
早期鼻咽癌由於腫瘤微小，位於粘膜表面或伴有粘膜下浸潤，腫瘤不累及咽鼓管開口，故可以沒有任何症狀。早期鼻咽癌症狀以回縮性血涕最多，其次為聽力减退、耳鳴、耳內閉塞等。
鼻咽癌常見臨床症狀有：
（1）頸淋巴結腫大：鼻咽癌患者以頸淋巴結腫大為首發症狀占36.5%，治療時有頸部淋巴結轉移者占70.6%。
（2）回縮性血涕或鼻出血：回縮性血涕常發生在早晨起床後從口哼出帶血的鼻涕，帶血量不多，常被病人疏忽，或被當作咯血到內科或肺科就診。由於鼻咽腔內腫瘤血管比較脆，腫瘤外表常沒有粘膜覆蓋，故易有血涕症狀。回縮性血涕是鼻咽癌早期症狀之一，應該引起病人和醫師重視。
（3）耳鳴、聽力减退、耳內閉塞感：鼻咽癌發生在鼻咽側壁、側窩或咽鼓管開口上唇時，腫瘤壓迫咽鼓管可發生單側性耳鳴或聽力下降，還可發生卡他性中耳炎。單側性耳鳴或聽力减退、耳內閉塞感是早期鼻咽癌症狀之一。
（4）頭痛：頭痛常為一側性偏頭痛，位於額部、顳部或枕部。輕者頭痛無須治療，重者需服止痛藥，甚至注射止痛針。頭痛原因很多，但有腦神經損害或顱底骨破壞常是頭痛原因之一。晚期鼻咽癌的頭痛可能是三叉神經第1支末梢神經在硬腦膜處受刺激反射引起。
（5）鼻塞：鼻咽癌好發在鼻咽頂前壁，很易侵犯鼻腔後部，CT檢查鼻咽癌侵犯鼻腔占42.9%。治療時症狀有鼻塞占48.6%。
（6）面麻：指面部皮膚麻木感，臨床檢查為痛覺和觸覺减退或消失。腫瘤侵入海綿竇常引起三叉神經第1支或第2支受損；腫瘤侵入卵圓孔、莖突前區、三叉神經第3支常引起耳廓前部、顳部、面頰部、下唇和頦部皮膚麻木或感覺异常。
（7）複視：由於腫瘤侵犯外展神經，常引起向外視物呈雙影。滑車神經受侵，常引起向內斜視、複視。常與三叉神經同時受損。
（8）舌肌萎縮和伸舌偏斜：鼻咽癌直接侵犯或淋巴結轉移至莖突後區或舌下神經管，使舌下神經受侵，引起伸舌偏向病側，伴有病側舌肌萎縮。如雙側舌下神經受損將引起伸舌困難。伸舌偏斜發生率僅次於面麻、複視。
（9）眼瞼下垂、眼球固定：與動眼神經損害有關。視力减退或消失與視神經損害或眶錐侵犯有關。聲啞和吞咽困難與迷走神經、舌咽神經受損有關。
（10）停經：作為鼻咽癌首發症狀甚罕見，與鼻咽癌侵入蝶竇和腦垂體有關。