潜伏期約為5～12日。通常侵犯雙眼。多發生於兒童少年時期。
1.症狀多為急性發病，病人有异物感、畏光、流淚，很多粘液或粘液性分泌物。數周後急性症狀消退，進入慢性期，此時可無任何不適或僅覺眼易疲勞。如於此時治癒或自愈，可不留瘢痕。但在慢性病程中，於流行地區，常有重複感染，病情加重。角膜上有活動性血管翳時，刺激症狀變為顯著，視力减退。晚期常因後遺症，如瞼內翻、倒睫、角膜潰瘍及眼球乾燥等，症狀更為明顯，並嚴重影響視力，甚至失明。
2.體征
⑴急性沙眼：呈現急性濾泡結膜炎症狀，瞼紅腫，結膜高度充血，因乳頭增生瞼結膜粗糙不平，上下穹隆部結膜滿面濾泡，合併有彌漫性角膜上皮炎及耳前淋巴結腫大。數周後急性炎症消退，轉為慢性期。
⑵慢性沙眼：可因反復感染，病程遷延數年至十多年。充血程度雖減輕，但與皮下組織有彌漫性細胞浸潤，結膜顯污穢肥厚，同時有乳頭增生及濾泡形成，濾泡大小不等，可顯膠樣，病變以上穹隆及瞼板上緣結膜顯著。同樣病變亦見於下瞼結膜及下穹隆結膜，嚴重者甚至可侵及半月皺壁。角膜血管翳：它是由角膜緣外正常的毛細血管網，越過角膜緣進入透明角膜，影響視力，並逐漸向瞳孔區發展，伴有細胞浸潤及發展為淺的小潰瘍，痊癒後可形成角膜小面。細胞浸潤嚴重時可形成肥厚的肉樣血管翳（pannus crassus）。
沙眼濾泡
在慢性病程中，結膜的病變逐漸為結締組織所取代，形成瘢痕。最早出現在上瞼結膜的瞼板下溝處，呈水准白色條紋，以後逐漸呈網狀，待活動性病變完全消退，病變結膜全部成為白色平滑的瘢痕。
沙眼瘢痕
沙眼的病程和預後，因感染輕重與是否反復感染有所不同。輕者或無反復感染者，數月可愈，結膜遺留薄瘢或無明顯瘢痕。反復感染的重症病人，病程可纏綿數年至十多年，慢性病種中，可由其他細菌感染和重複感染時則常呈急性發作。最後廣泛結瘢不再具有傳染性，但有嚴重的併發症和後遺症，常使視力减退，甚至失明。