隱睾可以併發不孕症和睾丸扭轉，且隱睾病人在青春期後有很高的惡性變發生率，隱睾發生惡性變的發生率是正常人的25至48倍（Whiter及Welvar）大約10%的睾丸腫瘤發生於隱睾。
一、隱睾的併發症：
1.隱睾與不孕症隱睾由於組織病理學的改變，沒有正常的生精功能，隱睾的位置越高在陰囊以上的位置時間越長，睾丸曲細精管的損害越大。Mengel經用普通顯微鏡和電子顯微鏡觀察隱睾病人睾丸在2歲以前就有曲細精管和間質細胞的病理學改變及明顯的生精損害。Hecker檢查正常成人及單側隱睾病人經睾丸固定術以後的精子濃度，前者明顯高於後者表明單側隱睾病人有雙側隱睾損害。雙側隱睾病人未經治療，不孕症可達100%如早期治療生生育力可達40%。而單側隱睾早期治療後生育力可達60%。病人在2歲以前進行治療有助於改進精原細胞的發育新增精原細胞數量及以後的生精。單側和雙側隱睾病人儘管早期治療，成年以後生精能力仍低於正常。
2.隱睾與睾丸扭轉由於隱睾病人睾丸與系帶之間常有發育异常，故易發生睾丸扭轉。進入青春期後由於睾丸體積增大發生機會更多Rigter報告64%的成人隱睾扭轉是由於睾丸發生惡性變，以至睾丸重量及睾丸重力軸改變而發生。治療原則是睾丸固定術或者需要時做睾丸切除術。
二、隱睾與惡性變：
隱睾病人在青春期後有很高的惡性變發生率隱睾發生惡性變的發生率是正常人的25至48倍（Whiter及Welvar）大約10%的睾丸腫瘤發生於隱睾。由於隱睾的組織學异常，所以早期手術並不能防止隱睾發生惡性變而單側隱睾的病人，對側已降至陰囊正常位置的睾丸組織學亦有异常，所以亦有較高的惡性變發生率Johnson在單側隱睾惡性變的病人中發現有五分之一的惡性變發生在非隱睾一側睾丸中，而雙側隱睾的病人，如果一側發生惡性變另側睾丸有15%的機會也發生惡性變。
隱睾的位置與惡性變有明顯的關係腹內隱睾惡性變發生率四倍於腹股溝隱睾，而雙側腹內隱睾，如一側發生惡性變另一側睾丸有30%的機會亦發生惡性變。
Skakkebaek在隱睾病人活檢中發現原位癌引起了對隱睾惡性變的新認識其發生率在30%。
總之為了觀察隱睾的變化及早期發現惡性變，應早期施行睾丸固定術，特別是腹內隱睾應早期移入陰囊如不能移入陰囊中應做睾丸切除術。隱睾發生惡性變後，多為精原細胞瘤應及時做睾丸根治性切除術及後腹膜區放射治療。