百日咳是由百日咳杆菌引起的小兒呼吸道傳染病，傳染性很强。臨床特徵為咳嗽逐漸加重、呈陣發性痙攣性咳嗽，咳末有雞啼聲，未經治療的病人，病程可延續2～3月，故名“百日咳”。嬰兒及重症者易併發肺炎及腦病。百日咳俗稱雞咳、鸕鷀咳。新生兒及嬰幼兒患者易發生窒息危及生命。死亡病例中40%為5個月以內的嬰幼兒。
百日咳杆菌從易感者的呼吸道侵入，約經1～3周的潜伏期（一般7～10天）後出現症狀，病程分3期，但無明顯界限。①卡他期，一般為1～2周，開始有類似感冒的症狀。3天左右後症狀減輕，唯咳嗽加重，漸漸轉變成陣發性痙攣性咳嗽。②痙咳期，陣發性痙攣性咳嗽是本期特點。痙咳發生時，先是頻繁短促的咳嗽十多聲以至數十聲，患者處於呼氣狀態，隨之是一次深長吸氣，但此時喉部仍是痙攣狀態，氣流通過緊張狹窄的聲門發出一種高調的吼聲，如雞鳴或犬吠樣。如此反復上述咳嗽過程，直至把呼吸道積聚的粘痰咳出為止。由於劇咳，可致嘔吐、大小便失禁、面紅耳赤、口唇發紺、張口伸舌。劇咳可致上腔靜脈回流受阻，出現顏面、眼瞼浮腫，重者鼻粘膜、眼結膜出血，咯血，甚至顱內出血。痙咳發作無先兆，任何刺激都可誘發。若無繼發感染，一般體溫正常，肺部無陽性體征，或有患百日咳的兒童不固定的音。新生兒及6個月以內嬰兒多無痙咳及特殊吼聲，而是陣發屏氣、紫紺，易驚厥、窒息而死亡。成人患者多數有典型症狀，但也可能僅有幾周乾咳，大多仍堅持工作，並作為傳染源，對此應予重視。痙咳期長短與治療的遲早、病情輕重有關，短者數天，長者可達2月，一般為2～6周。③恢復期，痙咳減輕、停止，雞鳴樣吸氣聲消失，若無併發症，約經2～3周即愈。
支氣管肺炎是常見的併發症，多發生在痙咳期。還可併發百日咳腦病，患者意識障礙、驚厥，但腦脊液無變化。