百日咳是由百日咳杆菌引起的一種小兒常見的急性呼吸道傳染病，初起時有發熱、流涕、咳嗽、咽粘膜充血等症狀。2-3日後症狀減輕，但咳嗽卻日益加重，尤以夜間更重，這時傳染性最强。咳嗽先是單聲乾咳，後轉為一陣陣的咳嗽，能一連咳嗽十幾聲至幾十聲，咳得喘不過氣來，流淚、流涕，面孔漲紅、口唇發紫、青筋怒漲，甚至出現嘔吐，咳完吸氣出現雞鳴樣回聲。經過5、6個星期，病情慢慢減輕，大約3個月以後才能逐漸好轉。體弱兒童還可以發生支氣管炎、肺炎、肺氣腫等併發症，嚴重影響兒童身體健康。百日咳的症狀潜伏期一般7～10天，可長至21天。臨床病程可分為三期。
一、卡他期從發病開始至出現痙咳，一般約1～2周。開始症狀類似感冒，除咳嗽外，可有流涕、噴嚏、輕度發熱，也可只有乾咳，並不引起注意。當其他症狀逐漸消失時，咳嗽反而加重，日輕夜重，漸呈痙咳狀。
二、痙咳期一般為2～6周（自數天至2個多月）。陣發性、痙攣性咳嗽為本期特點。發作時頻頻不間斷的短咳十餘聲或數十聲為呼氣狀態，最後深長吸氣，因其時喉部仍呈痙攣狀態，故伴有高音調的雞鳴樣吼聲，接著又發生下次的痙咳，如此反復發作多次，直至咯出粘稠痰液為止。咳嗽劇烈時，可有大、小便失禁，雙手握拳屈肘、兩眼圓睜、面紅耳赤、涕淚交流，頭向前傾、張口伸舌、唇色紫紺等，表情極其痛苦，嘔吐後方告結束。輕者一日數次，重者一日數十次，以夜間為多。當奔跑、進食、受凉、煙熏、哭吵等均可誘發。發作前一般無明顯預兆。間歇期情况無特殊。痙咳時，上腔靜脈壓力增高，回心血流受阻而有瘀血現象，常見顏面及眼瞼浮腫，陣咳劇烈時，可出現鼻Z、咯血及眼結膜下出血等，甚至發生顱內出血。痙咳頻繁者每影響睡眠，致使患兒疲倦、不喜活動、食欲減退，加上嘔吐，繼發感染，可致營養障礙。如無繼發感染，患兒一般體溫正常，肺部無陽性體征或有不固定的音。
新生兒和幼嬰常無典型痙咳，表現為陣發性摒氣及紫紺，易致窒息、驚厥。呼吸動作可停止在呼氣期，心率先增快，繼而减慢乃至停止。若不及時行人工呼吸、給氧等積極搶救，可窒息死亡。
成人百日咳：近年來青少年和成人百日咳有增多趨勢，可占流行時總病例的10.2%。一組經細菌培養證實的成人百日咳，平均年齡為35歲，有典型症狀與痙咳後嘔吐，但也可僅有數周乾咳，罕有併發症。大多數仍可堅持工作，本人雖無多大痛苦，但可作為傳染源，尤其威脅小兒，應予重視。
三、恢復期約2～3周。陣發性痙咳減輕，次數减少，雞鳴樣吸氣聲消失，患兒精神食欲逐漸恢復正常。如有併發症，此期可延長。